Le premier personnage de cette maison qui figure dans l'histoire est Dominique Fregoso, élu doge en 1371, après l'expulsion de Gabriel Adorno, à laquelle il avait puissamment contribué. Il fut lui-même déposé en 1378, à la suite d'une révolte excitée par Antoine Adorno et Nicolas Guarco. 

Jacques Fregoso, fils de Dominique, fut nommé doge en 1390 après l'abdication d'Antoine Adorno, mais fut forcé dès année suivante de céder la place à Antoine. Adorno même, qui regrettait de l'avoir abandonnée.

Thomas Fregoso, son fils, fut élu en 1415, et abdiqua en 1421, lors du siège de Gênes par Carmagnole, général de Philippe-Marie, duc de Milan, auquel les Génois voulaient, contre son avis, se soumettre. En 1435 il fut de nouveau nommé doge, mais déposé en 1442 à la suite d'une conjuration de Jean Antoine de Fiesque. 

Après quelques révolutions, Jean Fregoso, puis Louis Fregoso furent doges (1447-1450). Ce dernier fut déposé en 1450, et Pierre Fregoso, neveu de Thornas lui succéda. En 1458 Pierre persuada les Génois de se soumettre à Charles VII, roi de France; mais en 1459 il essaya de chasser les Français de Gênes qu'ils occupaient, et périt dans cette tentative. 

Paul Fregoso était d'abord archevêque de Gênes il continua les projets de Pierre, contribua à l'expulsion des Français, et fut élu doge en 1463; mais il fut peu après obligé de se retirer devant les troupes de François Sforza, duc de Milan, à qui Louis XI avait cédé ses droits sur Gênes. 

Baptiste Fregoso, neveu du précédent, fut élu en 1478, et chassé en 1483 par son oncle même, devenu cardinal, qui, au bout de quelques années, remit Gênes au duc de Milan. 

Octavien Fregoso, doge en 1514, traita en 1515 avec François I, et resta gouverneur de Gênes. En 1522 il fut obligé de se rendre au marquis de Pescaire, général de l'empire. il mourut quelques mois après.