Il fut un des vainqueurs du combat du Grand-Port, et le héros de l'engagement de la Sirène. C'était en 1808; la Sirène, de retour des Antilles, fut attaquée par un vaisseau et une frégate portant le pavillon anglais. Duperré soutint pendant plus d'une heure le feu de l'ennemi, il se jeta à la côte afin de ne pas laisser son bâtiment aux mains de l'ennemi. Puis, au lieu d'écouter son pilote qui le pressait vivement d'abandonner le navire, il fit des prodiges pendant trois jours et trois nuits, et rentra à Lorient malgré l'escadre ennemie qui croisait dans les environs de Groix. II apparut en vue de Port-Louis (île Maurice) alors que tout le monde le croyait perdu. 

Appelé en 1834 au ministère de la marine pour succéder à M. de Rigny, il prit une série de mesures dont le besoin s'imposait : il organisa le service de santé, le corps du commissariat, la gendarmerie coloniale, et réorganisa l'administration centrale et l'artillerie de la marine. Au bout d'environ deux ans, il quitta le ministère et le reprit en 1839 pour le garder encore une année.