Les cinq navires qu'il avait frétés se trouvèrent bientôt réduits à trois. Poussant toujours au Sud, ils furent les premiers bâtiments anglais qui s'engagèrent dans le détroit de Magellan. L'un d'eux, le Marigold, périt dans une tempête; un autre, l'Élisabeth, commandé par J. Winter, se laissa séparer du vaisseau-amiral et revint en Angleterre (juin 1579). Quant à Drake, malgré les dangers de tout genre qu'il eut à essuyer dans ces parages inconnus, il remonta vers le Nord, pilla en passant Valparaiso, s'empara, entre autres prises importantes, du Cacafuego, grand vaisseau espagnol chargé d'or et d'argent, eut un instant l'idée de chercher le passage du pôle Nord, et, après une navigation de plus de soixante-huit jours à travers la solitude du Pacifique, se fit une route au milieu des archipels océaniens, se ravitailla à Java, et revint en Angleterre par le cap de Bonne-Espérance, en touchant à Sierra Leone (26 septembre 1580). 

Des accusations nombreuses s'élevèrent aussitôt contre lui, et l'ambassadeur d'Espagne réclama restitution et châtiment. La reine Élisabeth y répondit en allant conférer, sur son navire, à Deptford, le titre de chevalier au premier capitaine qui eût encore accompli le tour du monde, car Magellan était mort avant de l'avoir achevé (1581). De 1584 à 1585, l'illustre marin siégea au Parlement. Mais Élisabeth lui donna alors la mission de punir les Espagnols des dommages qu'ils causaient au commerce anglais. Vigo, Sant-Iago, Saint-Domingue, Carthagène, toute la côte de la Floride furent pris, rançonnés et ravagés. En revenant, Drake rapatria les premiers colons anglais de la Virginie. Ce sont eux, dit-on, qui introduisirent en Angleterre la pomme de terre et le tabac (juillet 1586). Après une courte mission dans les Pays-Bas, il repartit avec une nouvelle escadre pour les mers espagnoles (1587), détruisit trente-trois vaisseaux dans le port de Cadix, tenta à Sagres un audacieux coup demain qui réussit, et ramena en Angleterre un grand vaisseau portugais qui revenait des Indes orientales chargé de richesses. C'est cette prise qui attira l'attention du commerce anglais vers l'Inde. Cependant l'Espagne achevait les préparatifs de l'Armada, et il ne tint pas à Drake qu'elle ne fût prévenue dans ses desseins. On sait la part glorieuse qui revient à Drake dans le triomphe des Anglais et la dispersion des vaisseaux espagnols (juillet 1588). L'année suivante, une flotte anglaise, sous le commandement de Drake et de sir John Norreys, attaqua La Corogne, fit une démonstration sur Lisbonne et ramassa un immense butin. Pendant les années suivantes, sir Francis Drake dépensa son activité à améliorer la ville de Plymouth, qu'il représentait au parlement (1593). Enfin, en 1594, il fut encore chargé, avec son vieux compagnon, John Hawkins, d'une nouvelle expédition dans les Indes occidentales. Il y trouvèrent l'un et l'autre la mort.

Quelque opinion qu'on ait d'un homme dont les exploits tiennent autant du flibustier et du corsaire que de l'homme de guerre proprement dit, on ne peut refuser à Drake une énergie indomptable, la sûreté de coup d'oeil et la promptitude de décision qui font les conquérants, et les plus hautes qualités de l'explorateur et du marin. (B. -H. Gausseron).

En bibliothèque - Samuel Clarke, See Lives of Drake, 1671. - Barrow, Life of Drake; Londres, 1861, 2e éd.