Il a donné les résultats de son enseignement dans une suite de publications : Leçons de physiologie expérimentale appliquée à la médecine (1855); Leçons sur les effets des puissances toxiques et médicamenteuses (1857); Leçons sur la physiologie et la pathologie du système nerveux (1858); Leçons sur les propriétés physiologiques et les altérations pathologiques des différents liquides de l'organisme (1859); Leçons et expériences physiologiques sur la nutrition et le développement (1860), etc. Il a en outre publié, dans la Gazette médicale, dans les Comptes rendus da la Société de biologie et de l'Académie des sciences, dans la Revue des Deux-Mondes des Mémoires ou articles importants (sur les usages du pancréas, sur la fonction glyconique du foie, sur le grand sympathique, sur la chaleur animale, sur le cœur, sur la vie, etc.). On lui doit en outre un Rapport sur les progrès et la marche de la physiologie générale en France (1867).

Presque toutes ces publications contiennent quelque découverte de l'auteur dans le domaine de la physiologie, et sont remarquables par la netteté et la précision du style; mais ce qui a fait surtout la célébrité de Claude Bernard, ce sont les développements qu'il a donnés à la physiologie expérimentale, où il a dépassé son maître Magendie, et où il a tiré un remarquable parti de la vivisection.
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Claude Bernard donnant une leçon de physiologie.