Au moment de la conquête espagnole,  le territoire de ce qui allait être le Salvador était occupé par deux peuples indiens, les Chontalli et surtout les Pipils. La conquête les réduisit en esclavage, mais plus vite que partout ailleurs dans l'Amérique latine, les Indiens du Salvador se sont assimilé les conquérants; la plupart ont perdu leur langue sauf quelques mots qui sont passés dans l'usage courant. Cependant quelques tribus sont parvenues à conserver jusqu'ici leurs traditions et leur langage : on peut citer le district d'lzalco, celui de Zacatecolula, et surtout la Costa del Balsamo entre Acajutla et la Libertad, où les Indiens, soi-disant convertis au catholicisme, ont gardé leurs coutumes religieuses et la forme communiste de la propriété du sol. 

Comme toutes celles des colonies latines d'Amérique, l'histoire da Salvador a été fort troublée. C'est en 1524 que Pedro Alvarado pénétra pour la première fois dans le pays; il y trouva une résistance acharnée dans les villages des Izalcos et à la ville des Pipils, Cuscatlan. San Salvador fut fondée en 1528 ; la nouvelle colonie dépendit de la capitainerie de Guatemala. L'indépendance fut proclamée pacifiquement le 15 septembre 1821 à la suite de l'insurrection mexicaine. Le Salvador essaya d'abord de rester uni au Guatemala par un lien fédéral; mais, en 1822, il protesta contre l'incorporation des républiques centre-américaines au Mexique; il battit les troupes guatémaltèques, mais fut écrasé par l'armée mexicaine. 

En 1823, l'empire d'Iturbide s'écroula, et le 22 novembre 1824 fut proclamée la République fédérale centre-américaine, avec San Salvador comme capitale et le général Manuel Arce comme président. Mais les guerres civiles ne tardèrent pas à éclater (1826-1829), le Guatemala voulant rompre la fédération; le 13 avril 1829, Morazan occupa Guatemala avec les troupes salvadoriennes et maintint la fédération jusqu'en 1839. Il fut alors vaincu par Carrera, le futur dictateur du Guatemala, et le Salvador se déclara indépendant. En 1841, nouvelle guerre entre le Guatemala et le Salvador, le premier ayant fourni des troupes à l'ancien président Arce, contre le président Malespin. Celuici fut, l'année suivante, renversé par un pronunciamento appuyé par le Nicaragua et se réfugia au Honduras, ce qui fit éclater la guerre entre Honduras et Salvador. Les deux républiques s'allièrent ensuite, et en 1850 Doroteo Vasconcelos voulut imposer la fédération au Guatemala. 

En 1851, le Salvador fut envahi par Carrera. En 1856 et 1860, un flibustier américain, William Walker, tenta de conquérir l'Amérique centrale au profit des Etats-Unis; mais les cinq républiques s'armèrent contre lui, et il fut fusillé. En 1863, nouvelle invasion du Salvador par Carrera. La paix dura ensuite jusqu'en 1885; à cette époque, le président du Guatemala, Justo Rufino Barrios, d'accord avec le Honduras, voulut reconstituer la fédération par décret; cette fois, ce fut le Salvador qui fut hostile à l'union et entraîna avec lui le Nicaragua et Costa Rica. Barrios fat défait et tué. La même année, le président Zaldivar fut renversé au Salvador, et Menendez convoqua une constituante qui élabora une constitution. Menendez fut renversé et tué par une insurrection en 1890, et la même année une nouvelle guerre éclata entre le Guatemala et le Salvador. 

Une tentative d'union pour les affaires intérieures entre le Salvador, le Honduras et le Nicaragua échoué encore en 1898. Au mois de juillet 1906, le Salvador a été entraîné dans un conflit violent avec le Guatemala. Son ministre de la guerre, le général Regalado, ancien président de la république, personnellement hostile au président guatémaltèque Estrada Cabrera, fut accusé par le Guatemala d'avoir encouragé la révolte de Barillas, et sommé d'avoir à abandonner ses fonctions. Le Salvador répondit en s'unissant au Honduras et en envahissant le territoire du Guatemala, qui répondit par la mobilisation de 35 000 hommes. La journée d'El Jicaro (12 juillet) fut heureuse pour le Salvador; mais le général Regalado fut tué dans son succès, et l'intervention des Etats-Unis et du Mexique amena rapidement (22 juillet) la signature de la paix à bord du vaisseau de guerre américain le Marblehead. (L.M. / NLI).

A cette époque, le Salvador connaissait un régime répressif, présidé par Pedro José Escalón. Il a cependant connu une embellie économique due à l'expansion de la production de café, mais, il est vrai, au prix d'une concentration des terres, qui a créé une profonde fracture sociale entre les riches propriétaires terriens de café et les ruraux pauvres. Dans les années 1930 et 1940, la concentration des terres a continué d'approfondir la fracture sociale, tandis que le pays continuait de vivre sou les régimes répressifs d'une succession de gouvernements militaires. Des groupes politiques de gauche et de syndicats qui ont commencé à se faire entendre pour exiger des réformes.

La stabilité politique n'est revenue que dans les deux décennies suivantes, sous la présidence de José María Lemus. Mais la période a été marquée par la corruption croissante et l'absence de réformes sociales et économiques, si bien qu'une partie de la population rurale s'est enfoncée encore davantage dans la pauvreté. En réaction, des groupes de guérilla se sont formés, tels que le Front de libération nationale Farabundo Martí (FMLN). Il s'en est suivi, dans les années 1970 une montée de la violence politique, accentuée par une élection présidentielle frauduleuse en 1972 et un retour à un régime répressif. L'action de groupes militaires et paramilitaires (escadrons de la mort) a entraîné la mort de milliers de personnes et le déplacement de centaines de milliers d'autres dans les pays voisins. 

Cette guerre civile salvadorienne, comme on l'a appelée, a atteint son apogée dans les années 1980, qui a vu la multiplication des atrocités commise, mais aussi le soutien des Etats-Unis au gouvernement salvadorien. La guerre civile a coûté la vie à environ 75 000 personnes, et a pris fin en 1992 lorsque le gouvernement et les rebelles de gauche ont signé un traité (les accords de Chapultepec) prévoyant des réformes militaires et politiques.

Depuis, le pays a connu une alternance entre les deux principaux partis politiques, le Front Farabundo Marti de Libération Nationale (FMLN), issu de la guérilla, et l'Alliance Républicaine Nationaliste (ARENA), un parti de droite. Des réformes économiques ont été mises en place qui ont permis une croissance économique rapide, mais elle n'a pas été suffisante pour résoudre les problèmes sociaux et économiques profonds auxquels le pays est confronté. 

En 2009, Mauricio Funes, le candidat du FMLN, a remporté les élections présidentielles. Son gouvernement a cherché à réduire les inégalités sociales, à renforcer les institutions démocratiques et à améliorer les relations avec les pays voisins. 

L'ARENA a ensuite remporté les élections présidentielles de 2014 et encore en 2019. Mais, à cette date, le président élu, Nayib Bukele, s'est engagé dans une gouvernance populiste et autoritaire, mettant en place des réformes constitutionnelles controversées, limogeant des juges de la Cour suprême et des procureurs, et portant atteinte à la liberté de la presse.

Depuis la pandémie de Covid-19, le Salvador s'est enfoncé dans une crise économique et une augmentation de la pauvreté, tandis que ses maux endémiques, corruption, inégalités sociales  n'ont fait que s'aggraver. Le Salvador reste en proie à l'un des taux d'homicides les plus élevés au monde et à des gangs criminels omniprésents.