Au moment de la conquête espagnole,  le territoire de ce qui allait être le Salvador était occupé par deux peuples indiens, les Chontalli et surtout les Pipils. La conquête les réduisit en esclavage, mais plus vite que partout ailleurs dans l'Amérique latine, les Indiens du Salvador se sont assimilé les conquérants; la plupart ont perdu leur langue sauf quelques mots qui sont passés dans l'usage courant. Cependant quelques tribus sont parvenues à conserver jusqu'ici leurs traditions et leur langage : on peut citer le district d'lzalco, celui de Zacatecolula, et surtout la Costa del Balsamo entre Acajutla et la Libertad, où les Indiens, soi-disant convertis au catholicisme, ont gardé leurs coutumes religieuses et la forme communiste de la propriété du sol. 

Comme toutes celles des colonies latines d'Amérique, l'histoire da Salvador a été fort troublée. C'est en 1524 que Pedro Alvarado pénétra pour la première fois dans le pays; il y trouva une résistance acharnée dans les villages des Izalcos et à la ville des Pipils, Cuscatlan. San Salvador fut fondée en 1528 ; la nouvelle colonie dépendit de la capitainerie de Guatemala. L'indépendance fut proclamée pacifiquement le 15 septembre 1821 à la suite de l'insurrection mexicaine. Le Salvador essaya d'abord de rester uni au Guatemala par un lien fédéral; mais, en 1822, il protesta contre l'incorporation des républiques centre-américaines au Mexique; il battit les troupes guatémaltèques, mais fut écrasé par l'armée mexicaine. 

En 1823, l'empire d'Iturbide s'écroula, et le 22 novembre 1824 fut proclamée la République fédérale centre-américaine, avec San Salvador comme capitale et le général Manuel Arce comme président. Mais les guerres civiles ne tardèrent pas à éclater (1826-1829), le Guatemala voulant rompre la fédération; le 13 avril 1829, Morazan occupa Guatemala avec les troupes salvadoriennes et maintint la fédération jusqu'en 1839. Il fut alors vaincu par Carrera, le futur dictateur du Guatemala, et le Salvador se déclara indépendant. En 1841, nouvelle guerre entre le Guatemala et le Salvador, le premier ayant fourni des troupes à l'ancien président Arce, contre le président Malespin. Celuici fut, l'année suivante, renversé par un pronunciamento appuyé par le Nicaragua et se réfugia au Honduras, ce qui fit éclater la guerre entre Honduras et Salvador. Les deux républiques s'allièrent ensuite, et en 1850 Doroteo Vasconcelos voulut imposer la fédération au Guatemala. 

En 1851, le Salvador fut envahi par Carrera. En 1856 et 1860, un flibustier américain, William Walker, tenta de conquérir l'Amérique centrale au profit des Etats-Unis; mais les cinq républiques s'armèrent contre lui, et il fut fusillé. En 1863, nouvelle invasion du Salvador par Carrera. La paix dura ensuite jusqu'en 1885; à cette époque, le président du Guatemala, Justo Rufino Barrios, d'accord avec le Honduras, voulut reconstituer la fédération par décret; cette fois, ce fut le Salvador qui fut hostile à l'union et entraîna avec lui le Nicaragua et Costa Rica. Barrios fat défait et tué. La même année, le président Zaldivar fut renversé au Salvador, et Menendez convoqua une constituante qui élabora une constitution. Menendez fut renversé et tué par une insurrection en 1890, et la même année une nouvelle guerre éclata entre le Guatemala et le Salvador. 

Une tentative d'union pour les affaires intérieures entre le Salvador, le Honduras et le Nicaragua échoué encore en 1898. Au mois de juillet 1906, le Salvador a été entraîné dans un conflit violent avec le Guatemala. Son ministre de la guerre, le général Regalado, ancien président de la république, personnellement hostile au président guatémaltèque Estrada Cabrera, fut accusé par le Guatemala d'avoir encouragé la révolte de Barillas, et sommé d'avoir à abandonner ses fonctions. Le Salvador répondit en s'unissant au Honduras et en envahissant le territoire du Guatemala, qui répondit par la mobilisation de 35 000 hommes. La journée d'El Jicaro (12 juillet) fut heureuse pour le Salvador; mais le général Regalado fut tué dans son succès, et l'intervention des Etats-Unis et du Mexique amena rapidement (22 juillet) la signature de la paix à bord du vaisseau de guerre américain le Marblehead. (L.M. / NLI).