Balboa avait pris possession « pour la couronne de Castille, au nom de son roi Charles V», de l'océan Pacifique (29 septembre 1513); Magellan, avait traversé le détroit qui porta son nom (octobre 1520), puis, pénétrant par l'Est dans cet océan, avait découvert les îles Mariannes (mars 1521), lorsque, le premier des Européens, il vit l'archipel des Philippines, au cap Saint-Augustin; il tenta un établissement à Cébu, mais peu après, 26 avril, il était tué dans une rencontre avec les habitants de Mactan. Après deux autres expéditions infructueuses, une quatrième mit à la voile du port de Juan Gallego (Mexique), le 1^er novembre 1542, sous le commandement de Lopez de Villalobos. Une petite île voisine de la rivière de Butuan, à Mindanao, appelée Abuyo, fut la première à laquelle Villalobos donna le nom de Philippines. Villalobos mourut à Amboine, assisté à ses derniers moments par saint François Xavier.

Philippe II venait de succéder à son père : il ordonna au vice-roi du Mexique de s'occuper de la conquête et de la colonisation des îles Philippines. En conséquence, une cinquième expédition fut préparée et confiée au commandement de Miguel Lopez de Legaspi. Andrea de Urdañeta, qui avait navigué comme capitaine dans la seconde, et qui avait revêtu depuis l'habit de Saint-Augustin, y fut employé comme cosmographe. Cinq religieux du même ordre l'accompagnèrent, chargés de faire la conquête spirituelle de la nouvelle colonie : cette attente ne fut pas trompée. On appareilla du Mexique, le 24 novembre 1564, et l'on mouilla à Cébu, le 27 avril 1565. On découvrit ensuite l'île de Panay, et plus au Nord la baie des Losongs et le fleuve Pasig. Legaspi fonda la ville de Cébu, qui fut appelée primitivement Ciudad del santo Nombre de Dios. Puis il soumit les Tagalogs et leur chef, le rajah Soliman, soutenus en dessous par les Portugais. C'est alors qu'il choisit pour siège de gouvernement la ville à laquelle, en la fortifiant et l'étendant, il conserva le nom de Manila (ce nom dérive de deux mots tagals, mayron nila = " il y a du nila" ; le nila est un petit arbuste du genre Ixora. Le nom de losongs est celui d'un mortier dans lequel les habitants pilent le riz pour le nettoyer : il devint Luzon et Luçon, par altération). La prise de possession de Manille eut lieu le 15 mai 1571, un mardi, jour de Santa Potenciana, qui devint la patron de la ville. Par son administration prudente, et grâce à ses lieutenants et aux missionnaires, Legaspi soumit bientôt l'île entière et les îles voisines. Il mourut le 20 août 1572.

Ce fut sous son successeur, Guido de Labezares, qu'eut lieu, contre Manille, l'expédition du pirate chinois Lima-Hong. Il incendia la ville, mais il échoua devant la citadelle. Plus tard, un complot tramé par les Chinois, établis vers 1580, fut découvert et réprimé vigoureusement; 23000 d'entre eux périrent (1603). En 1609, les Hollandais vinrent bloquer le port; ils furent repoussés avec perte. En 1635, l'on construisit le fort de Samhoanga, dans le but de mettre un terme aux incursions des Mores. Un effroyable tremblement de terre, en 1645, fit des ruines nombreuses et des victimes dans la colonie, particulièrement dans la capitale. En 1762, la ville de Manille était parvenue au plus haut point de prospérité, lorsque, à la fin de cette même année, l'Angleterre, alors en guerre avec l'Espagne, apparut inopinément. Bien que la place n'eût pas été prévenue qu'elle avait affaire à une flotte ennemie et qu'elle fût gouvernée provisoirement par l'archevêque don Antonio Roxo, elle se défendit avec une grande obstination; la ville fut bombardée et prise d'assaut (5 octobre), elle fut livrée au pillage et dut payer une somme de 4 millions de piastres. Anda y Salazar, lieutenant-gouverneur, alla établir le siège du gouvernement à Bacolor. Il soutint, durant quinze mois, la guerre e en province. Au mois de mars 1763, après la conclusion de la paix, les Anglais évacuèrent Manille. Ce fut cette même année, que les Chinois, toujours hostiles, et qui n'avaient que trop bien répondu aux instigations des Anglais, furent exilés en masse ou massacrés.

Sous Ferdinand VII, éclatèrent en Amérique, à partir de 1817, les révolutions qui ont enlevé successivement à l'Espagne toutes les colonies qu'elle possédait sur ce vaste continent. Le Mexique devint définitivement indépendant en 1829. Par suite de ces brusques crises, les Philippines furent privées des ressources que leur procuraient les transports des métaux précieux de la Nouvelle-Espagne par les galions de Manille. Les Espagnols dominaient dans l'archipel, surtout grâce à la division des diverses nations qui le peuplaient. Cependant, une d'elles constituait un péril pour le commerce de l'intérieur et la sécurité de tous. Au gouvernement de Manille revenait le rôle de soumettre ces Mores et de faire cesser leurs pirateries. Sa première expédition date de 1849. Puis, en 1876, le sultan, de nouveau vaincu, dut céder l'occupation de la ville de Soulou, sa capitale. La haine des Musulmans s'y traduisait par les exploits de membres d'une association secrète, les juramentados, qui pénètrent dans la ville pour assassiner, sachant bien qu'ils périront avant d'en sortir.

La conquête n'était par encore achevée, que déjà com mençaient, dans l'île de Luçon, les soulèvements qui devaient entraîner pour les Espagnols la perte des Philippines. Ils furent conduits par les métis, jaloux de l'égalité avec les blancs, et par les Tagals. L'oppression que l'Espagne faisait peser sur la colonie paraissait intolérable. Les impôts pesaient exclusivement sur les Philippins et les Chinois; les métis comme les indigènes étaient systématiquement écartés du pouvoir, mais, par-dessus tout, on avait à se plaindre de l'oppression du haut clergé et des ordres monastiques. Les Philippines nourrissaient le clergé le plus nombreux du monde; les congrégations avaient dépouillé les habitants de la plus grande partie du sol, prélevaient sur les cultivateurs des redevances écrasantes, tandis qu'elles-mêmes échappaient à l'impôt. Le haut clergé séculier et régulier avait tout pouvoir, laissant l'exercice du culte à des prêtres indigènes très misérables et qui souvent firent cause commune avec le peuple. Ceux des Philippins qui avaient acquis de l'instruction se trouvaient aux prises avec une censure qui perpétuait les vexations de l'Inquisition et s'exerçait non seulement sur les publications, mais sur la vie privée. Ajoutez les malversations des fonctionnaires, les abus de pouvoir, les dénis de justice. En 1872, l'insurrection qui éclata exigea renvoi de troupes espagnoles qui, seules, permirent de l'étouffer, car les troupes indigènes n'étaient pas fidèles; et même les religieux, en lutte avec l'autorité civile, durent être punis : trois moines compromis furent fusillés. Sans doute, il était opportun, du point de vue des colonisateurs, d'achever la conquête de Mindanao et de Jolo; l'activité déployée en 1880 et les campagnes du général Torrero en 1887, celles des généraux Weyler en 1891 et Blanco en 1894 semblaient établir définitivement la domination de l'Espagne. Mais il eût été mieux et plus urgent de prévenir les rebellions par des réformes appropriées. Les déportés politiques envoyés de Carthagène aux Philippines enseignèrent aux indigènes les pratiques de la franc-maçonnerie, et ceux-ci allèrent au delà de la pensée de leurs initiateurs. Au fond, le mobile fut la haine de la tyrannie cléricale, et le but, l'affranchissement du pays.

Ainsi éclata, au commencement d'août 1896, la dernière et la plus grave insurrection : précisément l'île de Luçon était dégarnie de troupes, occupées à Jolo et à Mindanao. Le général Blanco, alors gouverneur des Philippines, crut devoir ordonner des arrestations, qui ne firent que précipiter l'explosion. Des métis accusés simplement d'avoir diffamé le clergé sont fusillés ou déportés. Les insurgés se livrent aux plus grandes violences dans les provinces de Cavite et de Manille, et les troupes présentes et fidèles sont insuffisantes. Cependant, les Espagnols, maîtres de la mer, isolent, par des lignes fortifiées, du reste de Luçon, les parties soulevées des provinces de Cavite, de la Lagune et de Batangas; et le cours du Pasig est surveillé. Mais la politique espagnole dans l'archipel intervient, le parti du clergé reproche au général son indulgence, et celui-ci est rappelé pour être remplacé par le général Polavieja. Les trois principaux centres des insurgés sont successivement attaqués et pris, dans le Nord de la province de Cavite. Un nouveau gouverneur, le général Primo de Rivera, prend possession de son commandement. Les rebelles occupaient encore les parties Sud et Sud-Ouest de la province de Cavite.

Dans une dernière campagne, les insurgés sont encore vaincus et forcés de renoncer aux batailles rangées pour se livrer à la campagne de guérillas. Les combats, de part et d' autre, avaient été meurtriers et s'étaient livrés avec une sauvage énergie. Du côté des insurgés, le plus fameux chef était Emilio Aguinaldo, né au village d'Imas en 1871, il était affilié aux sociétés secrètes philippines ou Catipunan; c'était un homme énergique et intelligent. Il était évident que le rappel des ordres monastiques et l'octroi de libertés locales était le seul moyen de sauver la domination espagnole. Mais la crainte de mécontenter le pape était un obstacle insurmontable. La lutte fut pourtant suspendue par un compromis. Le président du Conseil, en Espagne, Canovas, avait préparé, au mois d'août 1897, des réformes, mais elles étaient bien loin des desiderata exposés par les Philippins révoltés. Après l'assassinat de Canovas, son projet de réformes fut repris par Castellano, et un décret fut signé par la régente le 12 septembre 1897. Le 14 décembre Aguinaldo déposa les armes à Biagnabato, en échange d'une promesse d'amnistie générale, de la réforme des abus et de l'admission des indigènes aux emplois publics. Lui-même se retirait à Hong-Kong, recevant sur-le-champ 400 000 pesos, plus 200 000 à verser après la remise des armes. Une grande partie des insurgés les déposèrent en effet, mais l'argent ne fut pas payé, et les améliorations ne vinrent pas. L'ajournement des réformes promises exaspéra les Philippins et détermina la ruine de la domination espagnole, lorsque se produisit le conflit hispano-américain. En mai 1898, les Etats-Unis bloquèrent Manille d'une manière effective. L'escadre américaine du Pacifique, commandée par l'amiral Dewey, venait de Hong-Kong, où elle s'était concentrée et où le consul américain de Manille, Williams, avait porté tous les renseignements désirables. Ce fut dans la nuit du 30 avril au 1^er mai qu'elle entra dans la baie. L'escadre espagnole, que commandait l'amiral Montojo, se trouvait mouillée près de la pointe de Cavite. C'étaient des navires en bois, assez mal armés, qui furent coulés en deux heures.

Le 19 mai, Aguinaldo revient de Hong-Kong. Il est accueilli en allié par l'amiral Dewey : il a dû, à Hong-Kong s'entendre avec les Américains. C'était un pacte temporaire, contre l'ennemi commun, avec l'arrière pensée, pour les uns, d'établir la république philippine, pour les autres, d'installer leur domination. En joignant ses troupes à celles des Américains, Aguinaldo contribua à la chute de la domination espagnole. Les forts de Manille furent bombardés le 13 août, la ville capitula. La veille avait été signé le protocole préliminaire de la paix entre l'Espagne et les Etats-Unis. La question des Philippines était réservée, Le traité de paix fut signé le 10 décembre 1898. Avec Porto-Rico, les Antilles espagnoles, ce traité céda aux Etats-Unis les Philippines et l'île de Guam.

Les Philippins n'acceptèrent pas cette solution, revendiquant Leur indépendance. Aguinaldo, en septembre 1898, avait convoqué une assemblée nationale constituant un gouvernement dont il fut le chef; puis, lorsqu'en vertu du traité de Paris, les Américains manifestèrent l'intention de garder les Philippines, il protesta dans un manifeste, en janvier 1899, proclamant la république à Malolos, et lança, le 7 février, une proclamation dans laquelle il déclara la guerre aux Etats-Unis. Malgré la brutalité et la cruauté avec laquelle les Américains menèrent les hostilités, ils furent confinés dans la banlieue de Manille. Leur général Otis ne put remporter sur les Philippins aucun succès efficace. L'occupation de quelques autres villes, telles qu'Ilo-Ilo, Galoacan, Malolos, Calambo, Pasig, et la soumission nominale des îles Sulu et Mindanao étaient encore bien loin d'assurer en 1899 la domination américaine sur l'archipel.

En 1935, les Philippines bénéficièrent d'une autonomie administrative. Manuel Quezon, élu président, fut chargé de préparer le pays à l'indépendance après une transition qui devait durer 10 ans. En 1942, les îles tombèrent sous l'occupation japonaise pendant la Seconde Guerre mondiale, et les forces américaines, aidées de Philippins résistants combattirent ensemble en 1944-1945 pour en reprendre le contrôle. Le 4 Juillet 1946, la République des Philippines obtint finalement son  indépendance, mais tomba sous le joug du dictateur Ferdinand Marcos, finalement chassé du pouvoir par un soulemvement populaire  ( «EDSA 1») et forcé à s'exiler en 1986. 

Après la chute de Marcos, Corazon Aquino est élue présidente. Elle a été confrontée à plusieurs tentatives de coups d'Eta, ce qui a empêché le retour à la stabilité politique et développement économique. Fidel Ramos a été élu président en 1992 et son administration a été marqué par une plus grande stabilité et de progrès sur les réformes économiques. En 1992, les États-Unis ont  fermé ses dernières bases militaires sur les îles. Joseph Estrada a été élu président en 1998, mais a été remplacé par son vice-présidente, Gloria Macapagal-Arroyo, en Janvier 2001 après la houleuse destitution d'Estrada, à la suite d'un procès pour corruption et un nouveau soulèmement populaire  ( «EDSA 2»). La présidente a été reconduite pour un nouveau mandat de 6 ans en mai 2004.

Le gouvernement philippin est confrontée à des menaces provenant de plusieurs groupes armés. En 2006 et en 2007 plusieurs deu leurs chefs ont été tués ou capturés. Depuis, un accord de paix a été signé avec une composante de l'insurrection musulmane qui ensanglantait le Sud du pays depuis plusieurs décennies, des nécociations ont été entamées avec les autres.(GE).