En 1853, année où fut définitivement acceptée par l'Espagne l'indépendance du Pérou, le nouveau président vit son administration attaquée par le congrès qui l'accusa de dilapidations. Un civil, don Domingo Elias, se leva contre lui, et Castilla finit par faire cause commune avec Elias. Les troupes d'Echenique attaquèrent vainement Arequipa. Echenique lui-même, refoulé par Castilla, fut battu près de Lima, à La Palma, le 5 janvier 1855, et s'exila. Castilla fut réélu président le 14 juillet. Pendant cette dernière campagne, il avait aboli le tribut payé par les Indiens et décrété l'affranchissement de tous les esclaves noirs. Sous sa seconde présidence, de décembre 1856 à mars 1858, Castilla eut à lutter contre une nouvelle révolte de Vivanco à Arequipa, révolte soutenue par une mutinerie d'une partie de la flotte, mais qui ne trouva pas d'appui dans le pays. En 1860, la constitution fut modifiée. Désormais le président ne fut plus nommé que pour quatre ans, par un vote populaire, et une commission permanente dut siéger entre les sessions du congrès. Le 24 octobre 1862, le maréchal don Miguel San Roman remplaça Castilla à la présidence; il mourut avant l'expiration de son mandat, et le premier vice-président Pezet exerça ses fonctions à partir d'août 1863. L'intervention de la flotte espagnole en 1864 pour soutenir les plaintes de sujets du roi d'Espagne, la saisie par l'amiral Pinzon des îles Chincha forcèrent Pezet à accepter en 1865 un arrangement qui souleva contre lui une partie de la nation, et à sa tête le colonel Prado et le second vice-président Canseco. Pour éviter une guerre civile, Pezet se retira en Angleterre. Prado se fit donner le commandement en chef et s'allia aussitôt avec le Chili, en ce moment en lutte avec la flotte espagnole. Le résultat de cette alliance fut qu'après avoir bombardé Valparaiso la flotte espagnole vint bombarder le Callao (2 mai 1866), mais assez éprouvée au cours de cette action, elle retourna en Europe. La paix définitive entre le Pérou et l'Espagne ne fut signée que treize ans plus tard.

Le danger passé, la situation illégale de Prado devint difficile. II se fit un mouvement insurrectionnel contre lui en 1867 et, au commencement de l'année suivante, après un échec, devant Chiclayo, Prado se retira. Le 2 août, son compétiteur, le colonel don José Balta, fut légalement élu président. Sous son gouvernement, une sorte de fièvre commerciale et industrielle s'empara du Pérou. De grands travaux publics, chemins de fer, ports, furent entrepris. Ce mouvement se continua après que Balta, assassiné par des émeutiers presque au terme de sa présidence, le 26 juillet 1872, eut été régulièrement remplacé par un civil, don Manuel Pardo, le 2 août. Le pays, entraîné à des dépenses exagérées, n'en put supporter le poids. En 1872, le Pérou cessa de payer les intérêts de sa dette extérieure. La présidence de Pardo avait été assez paisible, à part un soulèvement, rapidement réprimé, de Pierola en 1874. 

Le 2 août 1876, le colonel don Mariano Ignacio Prado fut élu pour succéder à Pardo. Des difficultés graves ne tardèrent pas à surgir. Le Pérou et la Bolivie avaient au Sud un voisin moins riche et plus actif, le Chili, qui convoitait les districts d'Atacama et de Tarapaca, ou se trouvaient des gisements de nitrate. En 1873, un traité avait été signé entre les deux gouvernements péruvien et bolivien par lequel ils se garantissaient mutuellement l'intégrité de leurs territoires. Le Chili demanda subitement à la Bolivie une rectification de frontières très importante, et, sur son refus, occupa tous ses ports en 1879. Le Pérou, sommé d'abandonner la défense de la Bolivie, contrairement au traité de 1873, repoussa l'ultimatum des Chiliens, qui lui déclarèrent la guerre le 5 avril 1879. Dans les précédentes années, le Pérou avait eu l'imprudence de réduire considérablement son armée; sa flotte, vieillie, effectivement réduite à deux unités, était loin de valoir celle du Chili. Pour attaquer le Pérou avec chance de succès, il faut être maître de la mer. Les Chiliens le savaient et s'étaient préparés en conséquence. En mai, le navire péruvien Huascar s'empara devant Iquique de la corvette chilienne Esrneralda, mais ce succès ne compensa pas la perte de l'Independencia qui s'échoua. Le 8 octobre, au large de la pointe d'Angamos, le Huascar, commandé par Michel Grau, fut contraint à un combat inégal et, après une belle défense, fut forcé de se rendre.

Les côtes du Pérou étaient dès lors d'un accès facile. L'armée chilienne était, en nombre et en organisation, bien supérieure à celle de ses adversaires. Le premier débarquement eut lieu à Pisagua le 2 novembre. Le 18, les troupes péruviennes et boliviennes étaient battues à San Francisco; un succès aux gorges de Tarapaca n'empêcha pas la perte de la province du même nom. Le président Prado perdit la tête et s'enfuit (18 décembre), sous prétexte d'aller en Europe chercher des armes. Le Dr don Nicolas de Pierola en profita pour s'emparer à main armée du gouvernement et se donna le titre de Jefe supremo de la Republica (23 décembre). En 1880, Arica et le Callao furent bloqués et bombardés par la flotte chilienne. En une seconde campagne, l'armée du Chili, débarquée à Ylo et à Pacocha, battit les Péruviens à Tacna et s'empara d'Arica. En même temps, avec l'aide de la flotte, la colonne légère de Lynch ravageait les ports péruviens au-dessus de Lima. En 1881, la capitale était menacée et occupée le 27 février après les défaites de Chorillos (23 janvier) et de Miraflores (15 février). Pierola s'enfuit à Ayacucho, mais son autorité usurpée ne tarda pas à être méconnue. Les Chiliens laissèrent un simulacre de gouvernement s'installer à Magdalena, en mars, sous la présidence du Dr Francisco Garcia Calderon, puis le supprimèrent en septembre. En 1882-1883; les Chiliens continuèrent à s'avancer dans l'intérieur du Pérou. Caceres les repoussa hors de la vallée de Xauxa en 1882, mais fut battu à Ayacucho le 10 juillet 1883. 

La discorde affaiblissait la résistance. Le vice-président, l'amiral Montero, avait convoqué à Arequipa, en mars 1883, un congrès, qui avait réélu Calderon président, Montero et Caceres, vice-présidents. Mais dès l'année précédente, le général Iglesias, menacé par les Chiliens débarqués à Trujillo, avait commencé à négocier séparément. Montero, sans moyens de résistance, fut chassé d'Arequipa par les Chiliens et se réfugia en Bolivie. lglesias finit par signer, au nom du Pérou, le 8 mars 1884, le désastreux traité d'Aneon, qui cédait- au Chili le département de Tarapaca définitivement, les territoires de Tacna et Arica provisoirement pour dix ans, sous réserve d'un plébiscite devant décider plus tard à quel pays se rattacheraient ces territoires. Le Pérou perdait du coup les plus riches de ses gisements de nitrate, qui avaient servi de gages a ses créanciers étrangers. Il fut forcé de donner en échange à ceux-ci, en 1888, par convention passée en leur nom par M. Michael Grace, l'exploitation de ses chemins de fer pendant soixante-six ans, des quais de plusieurs de ses ports, enfin de la navigation du lac Titicaca. Le traité d'Ancon signé, Lima évacuée (23 octobre 1883), les discordes civiles ne tardèrent pas à renaître. Les pouvoirs d'Iglesias étaient irréguliers. Le général Caceres se prononça contre lui au nom de la constitution. En août 1884, il essaya de se saisir de Lima. Il échoua, mais en mars 1885 il se souleva de nouveau à Arequipa, occupa Ayacucho, Trujillo, Xauxa, entraîna les troupes d'Iglesias loin de la capitale, puis, par une marche rapide, arriva devant Lima dégarnie et y entra le 1^er décembre. Iglesias se démit. Un congrès fut convoqué pour le 30 mai 1886 et nomma Caceres à la présidence. 

Au cours de la dernière guerre, les Chiliens avaient ravagé méthodiquement les richesses privées et publiques du pays, et dans cette âpre lutte, bien des faits contraires au droit des gens ont été signalés. Les mesures financières prises par l'administration de Caceres donnèrent satisfaction aux créanciers extérieurs et intérieurs. La situation s'améliorait déjà lorsqu'il remit la présidence à son successeur, le colonel don Remigio Morales Bermudez, le 10 août 1890. Celui-ci put continuer son oeuvre réparatrice. Il mourut avant l'expiration de ses pouvoirs le 1^er mai 1894. Le second vice-président, le colonel Justiniano Borgoño, usurpa les fonctions présidentielles qui revenaient à son collègue, le premier vice-président, le Dr P.-A. del Solar, et chercha à se faire donner le pouvoir par le congrès; mais l'Assemblée le confia de nouveau, le 4 août 1894, à Caceres. Celui-ci ne le conserva pas longtemps. Le Dr don Nicolas de Pierola, soutenu par le parti conservateur, l'en déposséda en 1895 et se fait nommer président.

Pierola - le dictateur de 1880 - tendait depuis trente ans à être à la tête de l'État; c'était en réalité le seul article du programme de ce dernier des caudillos américains; il avait été quinze ans auparavant l'homme de la lutte à outrance, il se donnait maintenant comme le chef d'un parti nouveau, le parti démocrate, qui devait étendre au Pérou les bienfaits du progrès moderne, et qui se proposait d'abord d'arracher la masse de la population à la misérable condition où elle était confinée depuis des siècles. En pratique, ce « Protecteur de la Race Indigène », - il s'était donné ce titre, - fit assez peu de chose pour ses protégés; le monopole du sel, charge très lourde pour les Indiens, fut même établi pendant sa présidence. L'exercice de la dictature lui était d'ailleurs rendu difficile par les conditions de son élection, et la collaboration nécessaire avec les partis, qui ne l'avaient accepté qu'à la condition d'une collaboration constante avec les Chambres; désormais, c'était bien l'union de ces partis, l'ancien parti militariste de Caceres, devenu le parti constitutionnaliste, et le parti civiliste, jadis fondé par Pardo, qui était maîtresse du gouvernement; c'était elle qui aux élections faisait passer ses candidats, en 1899 Lopez de Remaña, en 1903 Manuel Candamo (suppléé à sa mort par Serapio Calderon) et en 1907 José Pardo (le fils de l'ancien Président). Le régime civil était établi au Pérou. (H. Léonardon).