Le Honduras fut découvert en 1502 par Christophe Colomb; de l'île de Guanaja, il passa à Punta Casinas (cap Honduras), puis navigua vers l'Est. En 1522, G.-G. de Avila découvre Puerto Cabellos; en 1525, Cristoval de Olidi crée la colonie de Triunfo de La Cruz; en 1525 s'élève Trujillo. En quelques années les trois quarts de la population furent massacrés par les conquistadores, dont le rôle se terminera en 1539. La résistance fut parfois vaillante et il fallut une trahison pour venir à bout du cacique Lempira de Colquin (monts de Sensenti). Le Honduras forma la province de Comayagua, de la capitainerie générale de Guatemala. En 1778 sa population était évaluée à 90 000 habitants. La colonisation avait été très négligée. En 1823, le Honduras entra dans la république fédérale de l'Amérique centrale. Il resta fidèle aux fédéralistes ou libéraux durant les luttes qui suivirent.

Lorsqu'en 1839 l'union fut rompue, il s'efforça de la maintenir au moins avec les États voisins où prévalaient les mêmes idées, Nicaragua et Salvador. En 1853-1854, ceux-ci s'étant constitués à part et alliés au Guatemala, centre des autonomistes, le président libéral Cabaños, champion de la fédération, fit la guerre au Guatemala pour l'imposer; il fut battu et expulsé (1855). Son successeur, l'énergique et féroce Guardiola, un indien zambo, traita avec le Guatemala et maintint l'ordre par la terreur jusqu'au jour où il fut tué par ses soldats (11 janvier 1861). C'est lui qui eut à lutter contre le flibustier américain Walker. Le vice-président Vittoriano Castellamiros le remplaça et mourut bientôt (1863). 

Le président suivant, José-Francesco Montes, s'allia à Barrios du Salvador contre Carrera du Guatemala; celui-ci le fit chasser par le général Cerna et lui substitua le général José-Maria Medina, définitivement élu en février 1864, lequel fit voter une nouvelle constitution. Réélu en 1866 et 1870, Medina déclara la guerre au Salvador, fut complètement battu et renversé par les libéraux (1872). C. Arias prit alors la présidence, qui passa en février 1874 à Ponciano Leiva, en mai 1877 à Soto. Ce fut la période de détresse financière, conséquence des désastreux emprunts négociés par Medina. En 1880, on révisa la constitution; on transféra la capitale de Comayagua à Tegucigalpa. Les présidents ont été Bogran (1883-1891), Ponciano Leiva (1891-1893), Vasquez (1893), etc.

Au début du XX^e siècle, la vie politique, placée sous le regard attentif de l'armée, resta dominée par deux partis, le Parti libéral et le Parti national et par le rôle de plus en plus important joué par les États-Unis, dont une entreprise, l'United Fruit Company, propriétaire des trois-quarts des plantations du Honduras à partir des années 1910, était devenue ainsi un acteur essentiel de la vie du Honduras. Après les élections incertaines de 1924, le président sortant, Rafael Lopez Guttierez, s'auto-proclame dictateur et provoque une intervention des Marines. Bientôt, la crise économique mondiale de 1929 viendra frapper durement le Honduras où s'est développé depuis quelques années dans les plantation un solide mouvement syndical. Des grèves sont déclenchées, mais la contestation est réprimée par l'armée en 1932. 

Entre 1933 et 1948, le pays subit la dictature sanglante de Tiburcio Carias Andino, issu du parti Parti national du Honduras (PNH). Le régime réprime durement toute opposition (massacre du 6 juillet 1944 à San Pedro Sula, en particulier).  Des élections truquées portent ensuite au sommet de l'État Juan Manuel Galvez, un autre membre du PNH, qui mène la même politique répressive que son prédécesseur. En  1954, son gouvernement tombe à la suite d'une grève générale. Après un bref retour à un système constitutionnel, pendant lequel la figure dominante est Ramon Villeda Morales (1957-1963), le Honduras retombe sous le joug d'une dictature militaire, avec à sa tête le colonel Osvaldo Lopez Arellano qui quitte temporairement le pouvoir entre 1969 et 1972 à l'issue d'une brève et coûteuse guerre perdue contre le Salvador, puis revient à la tête de la junte jusqu'en 1975, date à laquelle il est contrait de démissionner pour avoir été accusé d'avoir reçu des pots-de-vin de la part d'une compagnie américaine. 

Le Colonel Juan Melgar Castro succède à Lopez Arellano. Mais en 1978, un coup d'État le renverse et le général Policarpo Paz Garcia, à la tête des putschistes, prend les rênes du pouvoir. Au début des années 1980, le Honduras devient pour les États-Unis une base arrière utilisée dans leur lutte contre les Sandinistes du Nicaragua et contre la guérilla qui s'est développée à la même époque au Salvador. Parallèlement, en 1981, un régime civil est enfin rétabli à la suite d'élections libres. Le chef du Parti libéral du Honduras (PLH) est élu président. En 1986, ce sera Jose Azcona del Hoyo, issu du même parti qui lui succédera. Mais le retour des civils au pouvoir de signifie pas amélioration en profondeur des libertés. L'armée conserve un pouvoir important. Elle est agissante auprès des États-Unis dans leur aide aux Contras (= opposants au régime sandiniste nicaraguayen), et son chef, le général Alvarez, se trouve aussi, jusqu'à sa mise à l'écart en 1984, derrière les agissements des milices, appelées escadrons de la mort, qui éliminent de nombreux opposants. Alvarez sera assassiné  en 1989, à Tegucigalpa. 

Peu après, il est mis fin à l'activité des Contras au Honduras. Le président Rafael Callejas, élu en 1990, engage le pays dans une politique d'austérité économique. En 1993, Carlos Reina poursuit la démilitarisation du pays. Quelques officiers accusés de violations des droits de l'homme au cours de la décennie précédente commencent à passer en justice à partir de 1995, au moment de l'élection du nouveau président, Carlos Flores. L'armée passe enfin sous le complet contrôle du pouvoir civil en 1999.

Les habitants du Honduras, pour la plupart plongés dans la misère, n'en ont pas pour autant fini avec les difficultés. Le Honduras est le deuxième pays le plus pauvre en Amérique Centrale, et un des pays les plus pauvres dans l'Hémisphère occidental, avec une répartition extraordinairement inégalitaire du revenu et un chômage massif. La forte criminalité décourage linvestissement et, pour ne rien arranger, le pays a été dévasté en octobre 1998 par l'ouragan Mitch qui a tué 5600 personnes et causé quelque 2 millions de dollars de dégâts. De plus, l'an 2000 a vu le retour des escadrons de la mort, commandés cette fois par la police, et que l'on accuse du meurtre, au cours de l'année, d'un millier d'enfants des rues.