L'histoire du Guatemala se rattache d'abord à celle du Mexique. C'est du Mexique où ils s'étaient établis vers le milieu du VI^e siècle, que vinrent au Guatemala, au XIII^e siècle, les envahisseurs toltèques, les Quichés, les Cachiquels, les Zutugils. En 1524, le conquistador don Pedro de Alvarado, venant du Mexique, entre dans le Soconusco, aujourd'hui province mexicaine et alors occupée par les Quichés du Guatemala, avec ses alliés les Indiens Tlascalans. Tecuc Umam, roi des Quiçhés, leur livra bataille sur les bords de la rivière Samala et fut vaincu. S'il fallait en croire les récits des Espagnols, l'armée indienne aurait été de 232 000 hommes, et les eaux de la rivière se seraient changées en sang à cause du massacre. Alvarado entra dans Xeleluh, située près de la ville moderne de Quezaltenango, tua Tecuc Umam dans un nouveau combat, dispersa les restes de son armée sous les murs de la capitale Utatlan, aujourd'hui Santa Cruz del Quiché. Le roi des Cachiquels appela lui-même les étrangers; Alvarado s'établit sur son territoire. Le conquistador bâtit la capitale du nouveau royaume à la base du volcan de Agua. Il soumit dans la même année les Zutugils des bords du lac d'Atitlan, les Cachiquels de Mexico et les Pipiles de la côte. Les exactions des Espagnols amenèrent bientôt des révoltes  les rois des Quichés et des Cachiquels soulevés furent vaincus et faits prisonniers. Les Indiens furent baptisés de force, marqués au fer rouge et réduits en esclavage. La population, qui devait être très dense, diminua rapidement.

Le Guatemala sous la domination espagnole comprenait, outre la république actuelle de Guatemala, les Etats de Chiapas et de Soconusco dans le Mexique et toute l'Amérique centrale, jusqu'à la baie de Thiriqui. Il fut gouverné par une audience royale, dont le président était à la fois chef civil et capitaine général et relevait directement de la métropole. Cette organisation spéciale explique le nom de royaume donné au Guatemala, bien qu'il fut compris officiellement dans la vice-royauté de la Nouvelle-Espagne. En 1821, le Guatemala, suivant l'exemple du Mexique, se proclama libre. Lorsque Iturbide eut dissous par son coup d'Etat du 18 mai 1822 la junte qu'il avait instituée à Mexico et se fut proclamé roi, le Guatemala suivit sa fortune. A la fin de sa dictature, le Guatemala redevenu maître de lui-même, le 21 janvier 1823, se constitua (25 janvier - 22 novembre 1824) en république fédérative avec les autres Etats de l'Amérique centrale.

Après 1824, le Guatemala, réduit à ses frontières actuelles, n'a cessé d'être secoué à l'intérieur par la lutte entre les libéraux ou lucios et les cléricaux ou serviles, tandis que diverses tentatives de fédération forcée des diverses républiques centro-américaines le mettaient en guerre avec ses voisins. Les libéraux, maîtres du pays après la chute d'Iturbide, abolirent l'esclavage, donnèrent aux Indiens le titre de citoyens, établirent le mariage civil et le jury. Le clergé et les familles nobles qui détenaient la puissance territoriale cherchèrent à s'allier aux Indiens pour reconquérir le pouvoir, et suscitèrent plusieurs insurrections. En 1838, les conservateurs ou serviles du Guatemala réussirent à soulever les Indiens contre la fédération; mais ils furent bientôt effrayés de leur oeuvre, quand ils virent leurs alliés en qui s'était réveillée la haine des Européens et qui se disaient envoyés par la vierge Marie, pour soumettre les hérétiques, s'emparer de la république et entrer triomphateurs dans la capitale même du Guatemala. Le jeune péon Rafaelo Carrera, fils d'un Indien Cachiquel et d'une Noire, qui, paré du titre de général, avait mené les Indiens à la victoire, était un homme d'un grand sens politique. Il sut éviter le massacre, ramener les Indiens dans l'obéissance et, malgré ses origines, devint le chef du parti des Blancs. Carrera fit sortir le Guatemala de la confédération centro-américaine, battit en 1840, dans la ville même de Guatemala, le général Morazan, président constitutionnel de l'Amérique centrale. Devenu dictateur, il réforma l'administration, augmenta le commerce, accrut les revenus de l'Etat, mais il eut à lutter contre la révolution.

Des troubles éclatèrent au mois de janvier 1845 et furent bientôt réprimés; mais une nouvelle révolution plus importante se déclara au mois de janvier 1847; en 1848, mille insurgés battirent les troupes du gouvernement; en 1850, la capitale fut ensanglantée par une nouvelle révolution. Les insurgés s'appuyant sur les Etats voisins, Carrera, qui en 1842 avait rattaché le Guatemala à la confédération centro-américaine, l'en sépara par un décret du 21 mars 1847 et dut en 1850 faire la guerre au Salvador et au Honduras coalisés. Il battit ses adversaires à San José. Maître enfin du pays en 1851, il donna une constitution au Guatemala; il réunit une Chambre de cinquante-neuf membres dans laquelle l'aristocratie, le clergé régulier et les divers établissements ecclésiastiques étaient surtout représentés. 

Cette Chambre qui devait faire toutes ses volontés, le nomma président de la république et en 1854 président à vie. Après quelques années de paix, les métis écartés des affaires recommencèrent à s'agiter. En 1862, les récoltes furent mauvaises, la cochenille, la principale richesse du pays manqua. Des bruits de révolution se répandirent; deux officiers furent arrêtés, accusés d'avoir organisé une conspiration pour assassiner Carrera à la cathédrale. Le 1^er mai, le major général de la place fut assailli sur sa porte même par trois hommes qui déchargèrent sur lui leurs revolvers sans l'atteindre, tandis que le feu éclatait au palais dans les magasins attenant au dépôt des poudres. Cette conjuration fut sévèrement réprimée.

En 1863, la guerre éclata entre le Guatemala et le Salvador dont le président Barrios voulait reconstituer l'unité centro-américaine; Carrera exigeait qu'en cas d'union chaque Etat gardât son autonomie. A la suite d'un article offensant pour lui, paru dans la Gazette officielle du Salvador, il franchit la frontière le 18 février 1863 avec 2700 hommes. Barrios lui livra bataille le 24 à Coalepeque et le mit en pleine déroute. Carrera s'allia au Nicaragua et, après avoir réprimé une insurrection dans sa capitale, il s'avança avec ses alliés contre les forces réunies du Salvador et du Honduras. Vainqueur le 16 juin à Santa Rosa, il força Barrios à prendre la fuite et le Salvador à changer de président. Après la mort de Carrera (14 avril 1865), la Chambre élut à la présidence le général Vicente Cerna qui continua la politique conservatrice. En 1867, une révolte dirigée par le général Serupio Cruz échoua, mais en 1871 un mouvement insurrectionnel renversa Vicente Cerna. Les libéraux, parvenus au pouvoir, chassèrent les jésuites et proclamèrent la liberté religieuse. Ils consolidèrent leur situation en s'alliant au libéral Honduras. Leurs conquêtes furent sanctionnées par la constitution de 1879.

En 1873, le général Rufino Barrios fut porté à la présidence; le gouvernement, décidé à vaincre le clergé, prononça la dissolution des couvents et l'interdiction de l'enseignement des missionnaires. Des tentatives de révoltes fomentées parle clergé motivèrent des mesures plus sévères, le bannissement de l'archevêque de Guatemala, la dissolution des congrégations, la confiscation à titre provisoire d'abord, puis définitif, des importantes propriétés des églises. Le pouvoir des cléricaux fut brisé. Barrios eut ses pouvoirs proroges pour quatre ans, puis, en 1880, pour six ans. En 1884, à la suite de la convention passée entre les Etats-Unis et le Nicaragua pour la construction d'un canal, il crut l'indépendance du Guatemala et de toute l'Amérique centrale menacée; il résolut de grouper fortement les Etats de l'Amérique centrale et proclama en février 1885 la confédération centro-américaine. Le Salvador refusant d'y adhérer, Barrios en mars envahit son territoire, mais il fut tué au combat de Chachuya et son armée battue et débandée rentra au Guatemala. Par l'intermédiaire des consuls, la paix fut conclue le 14 avril avec le président du Salvador Zaldivar, par le général Barillas qui prit en main le gouvernement du Guatemala. En mars 1892, le général Reyna Barrios, libéral avancé, fut élu président de la république après ballottage, par 35 000 voix contre 30 000 données au Dr Francisco Lanifiesta, libéral.

Au mois de mai 1906, un commencement de révolution avait éclaté au Guatemala, dirigé contre l'administration du président en exercice, Estrada Cabrera. La frontière mexicaine était le centre de cette agitation, qui fut rapidement réprimée par les troupes du gouvernement.

Au commencement de juillet, un nouveau soulèvement eut lieu, organisé cette fois par des réfugiés guatémaltèques que la république de Salvador avait accueillis et probablement encouragés. Il avait pour principal chef l'ancien président Barrillas, adversaire malheureux d'Estrada Cabrera. Le Guatemala, ayant réprimé le mouvement insurrectionnel, demanda comme réparation au  Salvador que le général Regalado, ancien président de la République et ministre de la guerre, fût écarté de cette fonction. Sur le refus du Salvador, les hostilités éclatèrent, et à la bataille d'El Jicaro (12 juillet), les troupes du Guatemala étaient battues; mais le général salvadorien Regalado était tué. D'autre part, le Honduras s'était uni au Salvador. Devant la gravité du conflit, les Etats-Unis se hâtaient d'intervenir, de concert avec le Mexique; le 19 juillet, le navire de guerre américain Marble-head, transportant le ministre Merry, négociait une pacification générale de l'Amérique centrale, que la disparition du général Regalado, adversaire personnel d'Estrada Cabrera, rendait facile. (Chofardet).