Rassurés par leur issue victorieuse des guerres médiques, les Grecs n'ont pas tardé à s'affaiblir par ses guerres intestines. Athènes et Sparte, qui sont alors les deux Etats prédominants, commencent la Guerre du Péloponnèse. Les 39 années écoulées entre la victoire remportée par Cimon en 470 et cette guerre, avaient été la plus belle époque de l'histoire de la Grèce. Athènes abrillait de tout son éclat, et cette époque, appelée siècle de Périclès, avait été celle où les lettres, les arts et les sciences brillèrent d'un éclat admirable. Mais la guerre civile mit fin à cette apogée de la civilisation grecque. Au rapport de Thucydide, témoin des événements, elle produisit une telle confusion dans les idées, que les mots perdirent leur sens et leur valeur. 

Commencée en 431, la guerre du Péloponnèse, dans laquelle Alcibiade, Nicias, Cléon, Brasidas et Lysandre jouent le principal rôle, se termina en 404, après une durée de 27 ans. Elle se solda par la prise d'Athènes, à laquelle les Spartiates vainqueurs imposèrent un gouvernement tyrannique. Mais l'issue de la guerre du Péloponnèse ne fut pas seulement la défaite d'Athènes : elle donna à Sparte la prépondérance (ou hégémonie) dans toute la Grèce. Bientôt, cependant, une ligue se forma contre les Spartiates, en 395, entre Athènes, Thèbes, Corinthe et d'autres cités. Thrasybule chassa d'Athènes les Trente Tyrans, la Cité reconquit son ancienne influence. Les victoires de Conon, Iphicrate et Chabrias rétablirent, sa domination maritime. Les Perses virent là une menace, et leur politique fomenta les divisions parmi les Grecs. 

Ce fut l'occasion pour Sparte de chercher à retrouver sa suprématie, par le traité d'Antalcidas, en 387, conclu avec le roi de Perse, et auquel elle livra les villes grecques de l'Asie. Sparte pu ainsi s'assurer une nouvelle domination sur la Grèce continentale, lorsque Pélopidas parvint, en 379, à secouer le joug qu'elle avait imposé à Thèbes. La bataille de Leuctres, gagnée par Epaminondas sur les Spartiates en 371, donna aux Thébains une prépondérance passagere sur toute la Béotie et dans le Péloponnèse, qu'ils envahirent. Ils délivrèrent la Messénie de la tyrannie de Sparte. Mais la puissance de Thèbes succomba avec Epaminondas, tué à la bataille de Mantinée en 362. Athènes perdit la domination maritime, de 359 à 556, par la révolte de ses colonies, appelée guerre sociale. Elle allait bientôt  fournir à Philippe, roi de Macédoine, l'occasion de s'immiscer dans les affaires de la Grèce, épuisée par tant de dissensions. 

Le mérite de l'heureux succès des guerres médiques revient surtout aux Athéniens. Ils en profitèrent d'ailleurs largement  non seulement leur villle devint le chef-lieu d'un empire maritime qui embrassa presque toutes les côtes de la mer Egée, car presque tous les alliés passèrent successivement à la condition de tributaires et de sujets, mais Athènes arriva à une prospérité matérielle et à une splendeur inouïes. Ce fut l'oeuvre de sa démocratie, dirigée par Périclès (456). La marine rivale d'Égine fut ruinée et l'île soumise. Un conflit éclata bientôt avec Sparte, qui avait exercé jusqu'alors une hégémonie incontestée. Après diverses vicissitudes, au cours desquelles les Athéniens furent un moment les maîtres de toute la Grèce centrale (Béotie, Phocide, Locride), on finit par transiger, et un accord solennel consacra la prépondérance des Spartiates dans la Grèce continentale, des Athéniens dans la Grèce maritime (445) où ils avaient déduitivement conquis l'Eubée et dompté Thasos (462), puis Samos.

La politique suivie d'abord par Aristide et Cimon tendait à une entente de tous les Grecs et spécialement avec Sparte, tandis que les démocrates, vainqueurs en 460, acceptèrent franchement le conflit avec l'État péloponnésien et s'efforcèrent de transférer l'hégémonie à Athènes. Ils ne purent y réussir et durent se contenter, après avoir rendu leur ville imprenable par la construction des Longs-Murs, de conserver leur empire maritime, sans pouvoir ni détruire la confédération péloponnésienne, ni en constituer une semblable dans la Grèce centrale. Le pacte de 445 n'était qu'une trêve. La lutte décisive s'engagea treize ans plus tard. Sparte qui dominait en Grèce avant le guerres médiques n'avait pas renoncé à la suprématie : c'était entre elle et Athènes un procès qui tôt ou tard devait être décidé par les armes. Les troubles de Corcyre (Corfou) en furent le prétexte. Corinthe intervint pour protéger Epidamne contre Corcyre; cette dernière cité invoqua alors le secours des Athéniens, qui le lui accordèrent. Les Corinthiens cherchèrent un appui dans la ligue péloponnésienne : Sparte, entraînant à sa suite presque toute la Grèce continentale, se décida à la guerre. Thèbes la commença en attaquant Platées (431).

Les forces des deux partis se balançaient à peu près. Sparte avait pour elle le Péloponnèse, excepté Argos et l'Achaïe; de plus, les Béotiens, ennemis traditionnels d'Athènes, les Locriens, les Phocidiens, les puissantes colonies de Corinthe, Ambracie, Leucade, etc. Cette coalition pouvait mettre en ligne 60 000 hoplites, soldats pesamment armés, et grâce surtout à Corinthe, disposer d'une marine redoutable. Les Athéniens entourés de toutes parts d'ennemis auxquels leur territoire était presque ouvert, ne couvaient guère lever que la moitié de l'armée de terre de leurs adversaires; mais ils étaient maîtres de la mer avec leurs 300 vaisseaux de guerre et les ressources fournies par plus de 200 villes tributaires, réparties sur 4000 kilomètres de côtes. Ils dominaient la mer Ionienne par Naupacte, l'alliance de Corcyre et des belliqueux Acarnanes. Outre leur revenu annuel de 600 talents, ils avaient un trésor de 6000 et leur organisation financière leur permettait de faire la guerre d'une manière plus régulière et de la soutenir plus longtemps avec moins d'efforts.

La guerre du Péloponnèse

Il faut faire entrer en ligne les considérations morales qui jouèrent dans cette lutte un rôle décisif; ce ne fut pas une guerre ordinaire; elle prit bien vite le caractère d'une guerre civile : dans presque toutes les cités, l'aristocratie tenait pour Sparte, la démocratie pour Athènes; mais les Spartiates dont la puissance était plus ancienne, étaient aussi regardés comme les gardiens des vieilles traditions, et beaucoup des cités sujettes d'Athènes, qui regrettaient leur autonomie d'autrefois, espéraient qu'ils la leur rendraient: 

« C'est ainsi que les Péloponnésiens eurent pour alliés tout aussi bien le vertige irrefléchi qui attirait vers la liberté les républiques opprimées, que l'ambition des aristocrates et leur désir de régner en maîtres. » (Curtius).

Au début, on ne se porta pas de coups décisifs; les Péloponnésiens envahirent et ravagèrent l'Attique, mais sans oser s'attaquer aux fortes murailles de la capitale; la flotte athénienne dévasta les côtes du Péloponnèse. Le typhus emporta Périclès et la direction d'Athènes fut disputée entre des démagogues irréfléchis et des aristocrates irrésolus et laconisants. La guerre devint atroce : démocrates et aristocrates s'entre-égorgèrent à Corcyre. La population de Platées fut massacrée par les Peloponnésiens; les aristocrates de Mytilène par les Athéniens. Les succès des Athéniens à Pylos, des Spartiates en Chalcidique, se balançaient. Une trêve suspendit les hostilités (paix de Nicias, 421). Le dualisme subsistait, aucun parti ne pouvant écraser l'autre. Les intrigues d'Alcibiade ne purent détruire l'hégémonie spartiate dans le Péloponnèse, mais engagèrent Athènes dans la funeste expédition de Sicile (415-413). Épuisée par ce désastre, elle vit les Spartiates s'établir à Décélie. Néanmoins, aucun des deux États n'était capable de l'emporter à l'aide de ses seules forces. L'alliance des Perses fit pencher la balance. Ils fournirent aux Spartiates les moyens d'équiper une flotte et d'attaquer leurs adversaires dans leur domaine. L'entente complète de Lysandre avec Cyrus le Jeune, vice-roi d'Asie Mineure, précipita le dénouement. La flotte athénienne fut anéantie à Aegos-Potamoi (405) et Athènes forcée de capituler (404).

L'hégémonie de Sparte se traduisit par une intolérable oppression. Le vieil État conservateur sorti vainqueur de ce duel n'était pas en état de conserver la suprématie. Il établit dans dans chaque cité des gouvernements oligarchiques (conseils des Dix), assistés d'une garnison spartiate sous les ordres d'un harmoste. Ce fut un régime de violences arbitraires, au de la restauration promise de l'antique liberté. L'allié du Sparte, Cyrus le Jeune, entraîna une armée de mercenaires grecs contre son frère le roi Artaxerxès. Il fut tué à Cunaxa (401). Les Grecs, restés seuls, firent sous la conduite de Xénophon, à travers l'empire perse, la glorieuse retraite des Dix Mille. Pour protéger les Grecs d'Asie, Sparte engagea la guerre contre les Perses (400). Le roi Agésilas obtint en Asie Mineure de brillants succès. Ces faits démontraient la faiblesse de l'empire asiatique. 

L'émancipation de Thèbes

Mais les Grecs étaient divisés, et du jour où le grand roi appuya les ennemis de Sparte, elle ne put conserver son hégémonie. Les Perses devenaient les arbitres des destinées de la Grèce. Athènes, où la démocratie avait été restaurée; Thèbes, Corinthe, Argos, la plupart des États de la Grèce moyenne se coalisèrent. La guerre de Corinthe (395-387) fut indécise. Les victoires des Spartiates à Némée et à Coronée conservèrent leur supériorité sur terre. Mais la flotte attico-persane détruisit la leur à Cnide; la confédération maritime présidée par Athènes se reconstitua. Sparte transigea avec les Perses; au congrès de Sardes, les délégués d'Artaxerxès dictèrent les conditions de la paix d'Antalcidas : cession de l'Asie hellénique au grand roi; autonomie de toutes les cités grecques, ce qui impliquait la dissolution de la ligue athénienne, et, en général, de toutes les confédérations. La politique des Perses triomphait; la Grèce morcelée et réduite à l'impuissance était plus affaiblie qu'à la veille de Marathon.

Tout avait été sacrifié par les Spartiates à leur intérêt immédiat. La paix d'Antalcidas marque en effet un arrêt dans leur décadence. L'abaissement d'Élis, la destruction de Mantinée, la reconstruction de Platées, la défaite d'Olynthe et la dissolution de la fédération de Chalcidique attestent sa suprématie. Une trahison lui livre la Cadmée, citadelle de Thèbes. Ce fut le terme de ses succès. Les démocrates thébains s'affranchirent, rétablirent leur hégémonie sur la Béotie; les Athéniens reconstituèrent leur ligue maritime et redevinrent maîtres de la mer; Sparte leur fit des concessions rétablissant le dualisme (371). Il était trop tard. L'essor de Thèbes ne s'arrêta pas. Sous deux hommes de génie, Épaminondas et Pélopidas, elle acquit une supériorité imprévue. Battus à Leuctres, les Spartiates furent attaqués dans le Péloponnèse. Epaminondas unit les Arcadiens et leur fit créer une capitale, Mégalopolis. Il construisit, sur le mont Ithome, Messène que peuplèrent les irréconciliables ennemis de Sparte rentrés chez eux après des siècles d'exil. La puissance spartiate était brisée, l'hégémonie qu'elle exerçait depuis le VII^e siècle dans le Péloponnèse détruite sans retour. 

On put croire que la prépotence allait passer à la tribu éolienne représentée par Thèbes. Celle-ci se faisait dans la Grèce moyenne une situation analogue à celle qu'avaient eu Sparte dans la péninsule, Athènes dans la mer Égée. Elle étendait son action en Thessalie, battait Athéniens et Spartiates réconciliés contre les rivaux communs. La mort de Pélopidas et d'Épaminondas arrêta tout. La bataille indécise de Mantinée (362) marque la fin d'une phase de l'histoire intérieure de la Grèce. Nul État n'est plus en position de dominer les autres et d'imposer une direction unique, une politique commune. Les principales cités maritimes (Chios, Rhodes, Cos, Byzance, etc.) s'affranchissent de la suprématie athénienne par la guerre sociale (358-355) qui détruit la confédération maritime. Celle du Péloponnèse, qui avait été durant trois siècles le noyau des forces militaires de la Grèce, n'existait plus. Les nouveaux Etats d'Arcadie et de Messénie paralysaient Sparte sans pouvoir la remplacer. On pouvait du moins espérer qu'après la bataille de Mantinée la Grèce retrouverait le calme. Sparte, Athènes, Thèbes s'étaient épuisées tour à tour. Pourtant la littérature, la philosophie, l'art brillaient encore d'un éclat sans pareil : Platon, Aristote, le sculpteur Praxitèle vivaient à cette époque. Les orateurs athéniens, Démosthène, Lycurgue, Eschine, atteignaient les plus hauts sommets de l'éloquence. Mais aux armées nationales se substituaient des armées de mercenaires, tandis que d'autre part les Grecs entraient par milliers au service du roi de Perse ou de ses satrapes. La Grèce allait devenir la proie des Macédoniens. (A.-M. Berthelot).