Le gouvernement fédéral eut, dès le début des hostilités, une supériorité de forces maritimes si marquée sur la Confédération qu'il fut en mesure, non seulement de déclarer le blocus des côtes de la région insurrectionnelle, mais de rendre en peu de temps ce blocus effectif, sur une étendue totale de plus de 3 000 milles. Tous les phares et fanaux avaient été éteints par les confédérés eux-mêmes depuis la baie de Chesapeake jusqu'aux frontières du Mexique. Un grand nombre de bâtiments de
commerce furent armés et le gouvernement de Washington organisa une série d'expéditions maritimes pour l'occupation des points les plus importants aux abords des ports du Sud. Dès le 31 août 1861, Butler, avec une division de frégates, de canonnières et de transports, s'empara du fort Hatteras à l'entrée d'une des passes conduisant de la mer dans les baies intérieures de la Caroline du Nord (Albemarle et Pamlico Sounds). Une autre division, sous les ordres du général Sherman et du commodore Dupont, s'empara de Port-Royal à l'entrée de la baie de même nom (Caroline du Sud). Une flottille ennemie fut brûlée et Beaufort occupé. Le commodore Dupont occupa ensuite l'île de Tybee qui commande la baie de Savannah et y établit une garnison. Le blocus se resserrait ainsi peu à peu. Des vapeurs de commerce, armés de canons, en attendant les navires de guerre que l'on construisait dans les ports du Nord, entravaient l'exportation du coton ou l'importation des munitions.

Jefferson Davis avait envoyé en Europe, en qualité de chargés d'affaires de la Confédération du Sud, l'un à Paris, l'autre à Londres, deux hommes qui avaient embrassé avec ardeur la cause de la sécession, Slidell, ancien sénateur pour la Louisiane, et Mason, ancien plénipotentiaire des États-Unis en France. Ces agents s'étant embarqués le 7 novembre 1861 à la Havane sur un paquebot anglais le Trent, une frégate fédérale, le San Jacinto, capitaine Wilkes, arrêta le lendemain 8, le Trent en pleine mer, et l'officier nordiste vint enlever de force les représentants de la sécession du bâtiment britannique. L'acte audacieux du capitaine Wilkes suscita dans le Nord un grand enthousiasme; son auteur fut félicité par le Congrès et promu commodore. En Angleterre, naturellement, l'impression fut aussi vive, mais dans l'autre sens. Un cri unanime d'indignation s'éleva contre l'insulte faite au pavillon national; le gouvernement réclama la reddition des prisonniers et une réparation, et commença de formidables préparatifs de guerre, qui ne coûtèrent pas moins, assure-t-on, de 300 millions de F. Les autorités de Washington ne pouvaient courir le risque de voir la lutte contre les rebelles du Sud se doubler d'une guerre avec l'Angleterre. Comme cette puissance réclamait les prisonniers en vertu du droit des neutres, que les États-Unis avaient constamment soutenu contre la Grande-Bretagne elle-même, le gouvernement fédéral prit le parti de céder. Mason et Slidell furent mis en liberté le 1^er janvier 1862. 

Ce danger d'une intervention active de l'Angleterre écarté, le blocus des côtes des États confédérés devint plus rigoureux de jour en jour. Les croiseurs du Nord capturèrent un grand nombre de steamers appartenant à des négociants et à des armateurs du Sud et chargés de riches cargaisons. D'autre part, bien que la neutralité adoptée par les puissances européennes rendit très difficile l'armement et le ravitaillement des bâtiments du Sud qui entreprenaient la course, quelques-uns de ces derniers, le Nashville, le Sumter, l'Alabama et le Florida, commencèrent à infliger de grandes pertes au commerce du Nord. 
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Pour entraver l'industrie très active des bâtiments violateurs de blocus (blokaderunners), les escadres du Nord cherchèrent à fermer l'accès des ports en coulant dans les passes de vieux bâtiments chargés de pierres; ce procédé, employé notamment devant Charleston et Savannah, ne fut pas aussi efficace qu'on l'avait espéré, les coques étant emportées peu à peu par le courant.
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Bombardement des défenses de Charleston par les premier croiseurs cuirassés.

On revint au système des expéditions mi-partie terrestres et maritimes. En février 1862, Burnside avec 12 000 hommes entra dans les baies intérieures de la Caroline du Nord, enleva les forts élevés sur l'île de Reanoke, théâtre de l'infructueux essai de colonisation de Raleigh, et occupa sur la côte Elizabeth City et Edenton. De février à avril, Burnside s'empara encore de New Bern, de Beaufort et du fort Macon. En mars, le commodore Dupont s'empara de plusieurs places sur les côtes de la Géorgie et de la Floride, notamment de Fernandina, dans l'île Amelia, et Saint-Augustine, la plus ancienne ville des États-Unis. Le 10 avril, le général Sherman faisait capituler le fort Pulaski, à l'entrée de la baie de Savannah.

Le Mississippi. Le Sud cerné

La plus importante de ces expéditions fut celle qui eut pour objectif la Nouvelle-Orléans. De formidables ouvrages, deux forts, une chaîne portée par des pontons et barrant la largeur du fleuve, en arrière de cette ligne, des brûlots, des canonnières cuirassées, commandaient le cours du Mississippi en aval de la Nouvelle-Orléans. Au mois d'avril 1862 parut à l'entrée du fleuve un armement composé d'une flottille commandée par le commodore Porter (20 schooners armés chacun d'un mortier lançant des bombes de 240 livres), d'une autre flottille commandée par le commodore Farragut (35 bâtiments et canonnières armés de canons de gros calibre), et d'une flotte de transports portant Butler et un corps de débarquement.

Le 18, les bâtiments fédéraux ouvrirent le feu contre les deux forts; le 25, Farragut avec cinq corvettes et neuf canonnières s'élança à toute vapeur contre les obstacles, brisa la chaîne, parvint en amont des forts, et, après un combat acharné, détruisit la flottille confédérée. Continuant sa route vers la Nouvelle-Orléans, Farragut menaça la ville du feu de ses canons. Nulle résistance ne fut tentée, mais le général sudiste, Lowell, ne voulant pas capituler, se retira sur Jackson, après avoir brûlé les magasins d'approvisionnements et 1 200 balles de coton. Butler débarqua et occupa la ville le 27 avril; les deux forts, dont la résistance devenait inutile, se rendirent. Ces faits se passaient quelques jours après la bataille de Pittsburg Landing alors qui, les canonnières sudistes tenaient encore Memphis. La flottille fédérale remonta le Mississippi, prit Bâton-Rouge, capitale politique de la Louisiane, et fut arrêtée par Port Hudson du côté du Sud comme les canonnières fédérales l'étaient à peu près dans le même temps du côté du Nord par Vicksburg.

Les places de Vicksburg et de Port Hudson étant très fortes, il ne pouvait être question de les enlever par un coup de main. Elles exigeaient un siège en règle qu'on ne put entreprendre que plus tard; les confédérés restèrent maîtres de la partie du Mississippi comprise entre les deux forteresses, ce qui assura leurs communications avec l'Ouest. Butler gouverna pendant quelques mois la Louisiane avec une rigueur et une brutalité qui suscitèrent au gouvernement fédéral de nombreuses difficultés. On le remplaça (16 décembre) par le général Banks, chargé de commander le départ du Golfe (Louisiane et Texas). Les Nordistes occupèrent quelque temps Galveston, puis les confédérés enlevèrent la place, et le fameux bâtiment corsaire, Alabama, capitaine Semmes, coula en vue de la rade de Galveston la canonnière fédérale Hatteras.

L'évacuation de Corinth (30 mai) et la retraite de Beauregard vers Richmond semblaient ouvrir aux fédéraux les deux États du Mississippi et d'Alabama, outre celui du Tennessee dont ils pouvaient se croire maîtres. Cependant la place n'était pas vide. Braxton Bragg, successeur de Beauregard, organisait une nouvelle armée dans le Tennessee oriental; Price, Van Dorn et Lowell rassemblaient des corps épars de confédérés dans le Nord du Mississippi. Depuis juillet 1862, Halleck n'était plus à l'armée de l'Ouest. Le gouvernement de Washington l'avait appelé pour lui conférer le grade de général en chef de toutes les forces de terre et de mer (11 juillet). Le général Grant lui succéda sur le Mississippi; ses lieutenants étaient les généraux Schofield, Sherman, Rosecrans et Buell.

Au moment où Grant, ayant bien en main ses troupes reposées et tous les corps reconstitués, se disposait à prendre la route de Vicksburg, Braxton Bragg sortant de son immobilité, envahit subitement le Kentucky et s'avança vers le Nord jusqu'à Francfort (capitale politique du Kentucky). Buell réussit à lui couper la retraite en s'établissant sur ses derrières, Braxton Bragg, presque cerné à Perryville (8 octobre 1862), se fraya un chemin après un combat qui dura tout le jour et rentra dans les montagnes de l'Est du Tennessee. Quatre jours avant la bataille de Perryville, Rosecrans repoussait à Corinth (4 octobre 1862) une attaque des chefs sudistes, Price, Van Dorn et Lowell. Les armées régulières du Sud cessèrent quelque temps de tenir la campagne dans l'Ouest, mais elles laissaient derrière elles des corps de partisans commandés par des chefs d'un indomptable énergie, Morgan, Forrest, Van Dorn, Wheeler, qui harassaient l'armée nordiste et jetaient la terreur dans les régions restées fidèles du Kentucky, du Tennessee et du Missouri. Souvent dispersées, les bandes se reformaient immédiatement pour porter un peu plus loin leurs déprédations.

A la fin de 1862, la situation était déjà devenue très grave pour la sécession. Dans le voisinage de la capitale fédérale seulement, l'équilibre des forces respectives ne semblait pas s'être sensiblement modifié, non plus que celui des positions stratégiques. Les confédérés occupaient la Virginie depuis l'embouchure du Rappahannock à l'aile droite jusqu'aux défilés des Alleghanies (Appalaches) à l'aile gauche, couvrant Richmond, capitale de la sécession. Devant eux se déployait l'armée fédérale, ayant à dos le Potomac et la capitale de l'Union. Partout ailleurs les forces nordistes avaient fait d'énormes progrès : toutes les côtes bloquées, un grand nombre de points occupés, la Nouvelle-Orléans reconquise; dans le grand espace entre les Appalaches et le Mississippi, l'insurrection réduite à une guerre de partisans, le Kentucky gardé à l'Union, le Tennessee disputé à la rébellion, tout le Mississippi au pouvoir des canonnières fédérales, sauf entre Vicksburg et Port Hudson.