De 638 à 640, l'Egypte, dont la population était devenue largement chrétienne, fut conquise par les Arabes, sous la conduite d'Amrou, un des généraux du calife Omar. L'Islam y fut introduit et le pays  fut réuni au califat de Damas. Le Turc Touloun, qui administrait le pays au nom du calife de Bagdad en 869, usurpa l'autorité suprême, et tût le fondateur de la dynastie des Toûloûnides, qui ne régna que jusqu'en 905. Abou-Obeid-Allah s'empara de l' Egypte en 909, lorsqu'il commença à établir le puissant empire des Fâtimides; mais il en fut chassé par Abou-Bekr Mohammed, gouverneur de l'Egypte, au nom du calife de Bagdad. Abou-Bekr se rendit indépendant en 935, et prit le titre d'Ikhchid, qui était celui des rois de la partie du Turkestan d'où il était originaire. Sa dynastie, dite des Ikhchidites, fut dépossédée par Moez-Ledinillah, troisième successeur d'Abou-ObeidAllah, qui se proclama souverain en 969 sous le litre de calife, et fixa sa résidence dans la ville du Caire, qu'il avait fait bâtir

La dynastie des Fatimides régna en Egypte sous onze califes jusqu'en 1171. Saladin, qui commandait une armée envoyée par Nour-Eddin, atabek de Syrie, profita de l'anarchie où les derniers califes fatimides, par leur indolence, avaient laissé tomber l'Etat, pour substituer le nom, du calife de Bagdad à celui du dernier, fatimide. Lorsque ce prince mourut en 1171, Saladin se fit reconnaître sultan d'Egypte, et fonda la dynastie des Ayyoubites, ainsi appelée du nom de son père Ayyoub. Saladin eut pour successeur son deuxième fils, Mélik-el-Aziz-Othman, qui enleva Damas en 1196 à son frère aîné, Mélikel-Afdhâl. Sous la dynastie des Ayyoubites, qui prit part à la lutte de l'Orient musulman contre les croisés, les chrétiens s'emparèrent de Damiette en 1219, et en 1249 dans l'expédition malheureuse de Saint Louis.

Après 1200

Les Mamelouks, dont le sultan Mélik-et-Salêh avait fait sa garde, massacrèrent en 1250 le sultan Mélik-el-Moadham, son fils, et le remplacèrent par le Mamelouk Ibegh, qui avait épousé la veuve de Mélik-el-Salêh. Mais ils proclamèrent sultan, quelques jours après, un enfant de huit ans de la dynastie ayyoubite, Mélik-el-Ascharf. Ibegh conserva néanmoins toute l'autorité en qualité d'atabek du dernier rejeton du sang de Saladin, qu'il fit déposer en 1254, pour se faire reconnaître sultan. C'est par lui que continence la dynastie des Mamelouks Bharites qui fut ainsi substituée à celle des Ayyoubites. Nour-Eddin-Ali succéda à son père Ibegh, qui fut assassiné en 1257.

L'Egypte fut élevée à un haut degré de puissance par les quatre sultans Mamelouks.Baharites : Bibars, Kélaoun, Kalil-Aschraf, et Nasser-Mohammed, qui portèrent les derniers coups aux colonies chrétiennes fondées en Orient par les croisés. Les Mamelouks Baharites furent dépossédés en 1382 par les Mamelouks Bourdjites. L'avant-dernier Bourdjite, Kansou-al-Ghauri, qui d'esclave devint sultan en 1501, s'opposa aux conquêtes des Portugais en Afrique et en Arabie. Il fut vaincu par Sélim I^er, sultan ottoman, en 1516; à Mardj-Dabek près d'Alep, et resta sur le champ de bataille. Toumam-Bey, son neveu et son successeur, succomba aussi en 1517, malgré son héroïque bravoure, sous les armes de Sélim, qui le fit pendre à une des portes du Caire, et réunit l'Egypte à son empire. 

L'Egypte ottomane fut administrée par un pacha assisté de 24 beys, pris dans la milice des Mamelouks. L'un d'eux, Ali-Bey, se rendit indépendant de la Porte en 1766, et fut supplanté en 1772 par son gendre, Mohammed-Bey, qui mourut de la peste devant Saint-Jean-d'Acre en 1776. 

L'expédition conduite en Egypte par Bonaparte en 1798, aboutit à la conquête et à l'occupation de l'Egypte par les troupes françaises, de 1798 à 1801; la puissance des Mamelouks fut alors anéantie en grande partie. La Turquie étant rentrée en possession du pays avec le secours de l'Angleterre, Mehemet-Ali s'en fit donner le gouvernement en 1806, et se débarrassa des Mamelouks en les faisant tous massacrer en 1811. II soumit la Nubie à sa domination en 1822. Il fit deux fois la guerre à son suzerain. Il lui enleva d'abord la Syrie en 1831-1832, et son fils Ibrahim défit l'armée turque à Konya en décembre 1832 et à Nézib en 1859. Mais l'intervention européenne arrêta chaque fois Mehemet-Ali dans ses succès, Il fut forcé en 1841 de restituer ses conquêtes à la Porte, qui lui accorda la vice-royauté héréditaire de l'Egypte, sous la suzeraineté de la Turquie, et moyennant un tribut annuel. Ses efforts pour européaniser l'Egypte n'atteignirent que très imparfaitement leur but. Il s'attribua le monopole de l'industrie.

Mehemet-Ali mourut en 1849, et eut pour successeur son petit-fils Abbas-Pacha, mort en 1854. Ce dernier fut été remplacé par son oncle, Saïd-Pacha, fils de Mehemet-Ali, prince généreux et éclairé, qui encouragea de tout son pouvoir le percement de l'isthme de Suez, et qui a fourni à l'égyptologue Mariette, les moyens d'accomplir les plus précieuses découvertes archéologiques. Saïd-Pacha, mort en 1863, a eu pour successeur son neveu Ismaïl-Pacha. En 1882, l'armée britannique prend position en Egypte afin d'y protéger ses intérêts dans la région devenue stratégique du Canal de Suez. Elle participera aussi à la répression du soulèvement du Mahdi, au Soudan (1881-1885). En 1914, le protectorat britannique sur l'Egypte fut officialisé. 
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Port-Saïd : l'entrée du canal de Suez au début du XX^e siècle.

L'Égypte contemporaine

Parallèlement au mouvement pan-arabe islamiste des Frères Musulmans qui se constitue à partir de 1928 autour d'Hassan al-Banna, un mouvement indépendantiste, le Wafd, dirigé par Sahad Zaghloul, apparaît au sortir de la la Première Guerre mondiale. Il poussera le Royaume-Uni à se désengager formellement du pays et à laisser s'installer une monarchie dès 1923, en attendant l'indépendance proclamée seulement en 1936 (le Soudan, dit anciennement anglo-égyptien, ne s'émancipera de la domination anglaise qu'en 1956). Malgré cette indépendance, la zone du Canal resta sous le contrôle de l'armée britannique. A la suite des remous consécutifs à la défaite dans la première Guerre Israélo-Arabe (1948), un coup d'État (23 juillet 1952) renversera le roi Farouk et placera au pouvoir la "dynastie d'officiers" toujours en place : Mohammed Néghib (évincé en 1954), Gamal Abdel Nasser (jusqu'en 1970), Anouar el-Sadate (assassiné le 6 octobre 1981 par un groupe islamiste radical, al-Jihad), Hosni Moubarak (président depuis 1981).

Les grands bouleversements du pays auront eu lieu sous la présidence de Nasser, qui s'était posé à la fois comme un des animateurs du mouvement des pays Non-Alignés, et le chantre de l'arabisme : Nationalisation du Canal de Suez (et crise internationale qui s'ensuit) en juillet 1956; construction du Barrage d'Assouan décidée vers la même époque; unification de l'Égypte et de la Syrie sous le nom de République Arabe Unie (RAU) entre 1958 et 1961; Guerre des Six-Jours avec Israël (1967), dont les conséquences (occupation par Israël des Territoires Palestiniens, en particulier), restent encore aujourd'hui un des points d'ancrage des tensions au Proche-Orient.