En 1821, la province du Costa Rica adhéra à la proclamation de l'indépendance; elle continua de se rattacher à l'ancienne vice-royauté de Guatemala et en suivit les destinées pendant quelques années, se rattachant d'abord à l'empire mexicain fondé par Iturbide. Au bout de trois ans, la guerre éclata entre les centralistes, qualifiés d'impérialistes ou serviles, et les fédéralistes ou libéraux : ceux-ci l'emportèrent; San José supplanta comme capitale Cartago, chef-lieu des centralistes. On y réunit le premier congrès national qui aussitôt abolit l'esclavage (1824). Le Costa Rica continua de faire partie des Etats-Unis de l'Amérique centrale depuis l'acte d'union du 1^er juillet 1823 jusqu'en 1838. A cette date il se sépara pour s'organiser en république indépendante. La constitution d'avril 1848 consolida cet état de choses. 

Depuis, la petite république a vécu sans crise ni bouleversements profonds. Les révolutions politiques ont été assez nombreuses, mais rarement violentes. En 1848, on eut à lutter contre une insurrection des Indiens; en 1850, à soutenir une guerre contre le Honduras. La même année, on élut président Juan Rafael Mora, riche planteur de café, qui administra l'Etat à la manière d'une maison commerciale, développa beaucoup les voies de communication, l'agriculture, le trafic intérieur et extérieur. Il intervint en faveur du Nicaragua contre le flibustier américain Walker, qu'il réussit à expulser et obtint en échange de ce secours la cession du district de Guanacaste et une rectification de frontières du côté du lac. Le président et l'assemblée constituante du Nicaragua ratifièrent ce traité, le congrès le rejeta, mais les Costa-Riciens ont occupé et conservé le Guanacaste. 

L'administration autoritaire du président Mora finit par lasser. Quand il eut été réélu président pour la quatrième fois, le 8 mai 1859, il fut renversé par une coalition des libéraux avec les étrangers, Anglais et Allemands (14 août 1859). Il fut emprisonné avec son frère, Joaquin Mora, commandant en chef de l'armée, et son beau-frère, le général Canas, ministre de la guerre et des finances, et embarqué à Punta Arenas. Le médecin José Maria Montalègre, beau-frère du consul anglais, fut nommé président provisoire; une assemblée constituante se réunit, dressa le plan d'uns nouvelle constitution, la vota et élut président, le 27 décembre 1859, Montalègre. Rafael Mora s'étant rendu à New York, chercha un appui au Guatemala, puis dans le Salvador. Aidé par le président de cette République, il revint, débarqua à Punta Arenas avec son frère et son beau-frère (16 septembre 1860); il marcha sur San José, mais fut battu an passage de la Barranca par Montalègre, cerné dans Angostura; la ville fut prise et Mora fusillé le 28 septembre avec son beau-frère Canas.

En 1863, don Jesus Jimenes remplaça Montalègre comme président de la République; il eut pour successeur (8 mai 1866) le docteur José Maria Castro. Lors de la guerre de l'Espagne contre le Pérou et le Chili, la République de Costa Rica maintint sa neutralité. En novembre 1866, on fit rembarquer des franciscains venus pour s'établir, de crainte qu'ils ne fussent une cause de troubles. Les jésuites non plus ne sont pas admis sur le territoire de la République. En 1868, le président Castro fut renversé et le pouvoir rendu à Jimenes. En avril 1870, celui-ci dut se retirer devant Bruno Carranza, bientôt remplacé comme président par Thomas Guardia (octobre 1870). Celui-ci garda le pouvoir jusqu'en juillet 1883, date de sa mort, sauf deux courtes interruptions où la présidence fut déférée à Esquirol (1876) et Herrera (1877). Après la mort de ce dictateur, qui avait établi le service militaire universel et l'instruction gratuite et obligatoire, mais compromis les finances, on élut président Prospero Fernandez. Celui-ci eut pour successeur le 12 mars 1885 le général Bernardo Soto, remplacé par le licencié J. J. Rodriguez, élu le 8 mai 1890.