Au mois de mars 50, quand l'échéance du gouvernement des Gaules fut arrivée, le Sénat délibéra sur le remplacement de César. Pendant les débats, le tribun Curion, qui s'était vendu secrètement au proconsul, suggéra une idée qui séduisit d'emblée tout le monde. Il demanda que Pompée et César fussent rendus simultanément à la vie privée : c'était, d'après lui, le seul moyen d'assurer le salut de la République. 370 voix contre 22 se rangèrent à cet avis. Mais Pompée, dont les pouvoirs avaient encore plusieurs années à courir, protesta contre cette résolution, et on n'insista pas. De délai en délai, l'affaire traîna en longueur jusqu'au mois d'octobre. A ce moment, le bruit se répandit que César avait amené quatre légions à Plaisance. Aussitôt, le consul Marcellus somme Pompée «-de marcher contre lui avec toutes les troupes qui seraient nécessaires », et les préparatifs de guerre commencèrent. César, qui était prêt, avait tout avantage à brusquer les choses. II envoya de Ravenne son ultimatum au Sénat. Il offrait d'abandonner sa charge si Pompée renonçait à la sienne; sinon il exigeait qu'on lui laissât jusqu'aux prochains comices une partie de sa province avec une ou deux légions. Quelques sénateurs étaient d'avis qu'on agréât ces conditions; mais sur les véhémentes instances du consul Lentulus, un décret fut adopté, qui enjoignait à César de licencier son armée et de quitter la Gaule (janvier 49). Il ne voulut pas obéir; et, franchissant le Rubicon, qui servait de limite méridionale à la Cisalpine, il envahit l'Italie. On a beaucoup discuté pour savoir à qui incombait la responsabilité de la guerre civile. On croyait la question résolue par un savant mémoire de Mommsen intitulé Die Rechtsfrage zwischen Caesar und dem Senat. Mais depuis elle a été soumise à un nouvel examen, et les érudits sont loin d'être unanimes sur ce point. Voici, semble-t-il, quelle est l'opinion la plus probable. Comme dans tous les conflits de ce genre, il y eut des torts réciproques. Pompée n'était pas plus désintéressé que son adversaire, et il désirait, autant que lui, le pouvoir suprême. Le Sénat, d'autre part, ne garda peut-être pas assez de ménagements pour César, et manifesta trop ouvertement l'intention de le perdre. Mais à qui la faute? César n'avait-il pas fourni lui-même des armes à ses ennemis, en se lançant dans les plus coupables intrigues, en violant les lois, et en affichant une ambition dangereuse pour la République? La révolte était pour lui le seul moyen de se soustraire à des poursuites où il aurait sûrement succombé. Pourquoi donc s'était-il mis dans le cas d'être poursuivi? Le Sénat ne faisait, en somme, que son devoir en défendant le régime établi, et il serait vraiment étrange qu'on le blâmât de l'avoir rempli. On objecte qu'il s'attaquait au vainqueur des Gaules. Sans doute, mais il s'appuyait aussi sur le vainqueur de Mithridate et sur le pacificateur de l'Orient. D'ailleurs, la victoire confère-t-elle nécessairement à un homme le droit d'asservir sa patrie? Un sophisme singulier plane sur tout ce débat. A lire certains historiens, on dirait que César et le Sénat étaient deux puissances absolument égales, et que le premier était fondé à réclamer du second la reconnaissance et le respect de ses intérêts personnels, comme si le citoyen, dans les cités antiques, était autre chose que l'humble serviteur de l'État. On dit que le peuple voulait un maître et que César avait pour complice la grande masse des Romains. Est-ce là une raison sérieuse pour quiconque sait l'aveuglement et la sottise habituelles des foules, et, à supposer que la voix populaire soit habituellement « la voix de la Nécessité », ne conviendrait-il pas tout au moins de contester ce privilège à l'immense populace qui encombrait les rues de Rome, à cette vile multitude? Je consens que la dictature de César parût être un excellent remède contre l'anarchie. N'était-il pas le principal auteur du mal, et faudra-t-il lui faire un mérite de l'avoir réprimée, alors qu'il n'avait rien négligé jusque-là pour l'aggraver? J'ajoute qu'il n'eut même pas la stricte légalité pour lui, Ses pouvoirs étaient échus depuis le mois de mars 50, peut-être depuis le mois de janvier, et le plébiscite de 52, en lui accordant la faveur de rester hors de la ville pendant la période électorale, ne les avait pas prolongés, quoiqu'il affirmât le contraire. Il avait beau prétendre que l'un n'allait pas sans l'autre; les textes étaient muets là-dessus, et à Rome la lettre de la loi était tout.

Une fois décidé à la guerre, il la conduisit avec sa vigueur ordinaire. Il se jeta immédiatement sur la route de Rome, et Pompée, qui affectait naguère tant d'assurance, Pompée qui avait juré de faire sortir de terre les légions, se retira sans résistance. Il évacua la capitale, il évacua même l'Italie, et, après une campagne de deux mois, César eut toute la péninsule à lui. Avant de passer en Orient, il partit pour l'Espagne, où il se débarrassa - de trois lieutenants pompéiens, Varron, Afranius et Petreius; au retour, il accepta la soumission de Marseille d'abord soulevée contre lui; il traversa Rome pour y recevoir le consulat, et profitant de la négligence de Pompée, il franchit le détroit qui sépare Brindisi de l'Epire. Les deux ennemis se trouvèrent alors en contact. Entre eux, il n'y avait pas une grande disproportion de forces, car si Pompée avait sous ses ordres neuf légions, avec beaucoup d'auxiliaires levés en Grèce et en Asie, César commandait huit légions, incomplètes, il est vrai, sans parler de ses Gaulois et de ses Germains. Il avait de plus une armée aguerrie, dévouée, pleine de confiance dans son chef, prête pour lui à tous les sacrifices, tandis que pompée, bien inférieur en talents militaires, avait à compter avec les soupçons, les scrupules et les impatiences de son entourage de nobles et de sénateurs. Après une série d'opérations autour de Dyrrachiumi, César se retira en Thessalie. C'est là qu'il gagna la victoire de Pharsale (9 août 48). Pompée vaincu espérait trouver un asile à la cour du roi d'Égypte, dont le père avait été son ami; il fut tué à Péluse (28 septembre). César apprit sa mort en débarquant. Rome exerçait alors une sorte de protectorat sur cette contrée; en vertu de ce droit, il voulut régler les affaires intérieures du royaume, troublé par les discordes. Son intervention provoqua une émeute formidable dont il ne triompha qu'à grand-peine. Bien qu'un intérêt puissant l'appelât en Italie, il différa son retour, retenu à Alexandrie autant par les charmes de Cléopâtre VII que par les succès de la politique, et lorsqu'il s'éloigna enfin, il laissa la reine et son frère sous la garde de deux légions. Avant de rentrer à Rome, il voulût anéantir le fils de Mithridate, Pharnace, qui s'était imprudemment étendu dans l'Asie Mineure. Il n'eut « qu'à venir et voir pour vaincre, veni, vidi, vici ». Pharnace battu s'enfuit, et fut remplacé par un prince plus docile.

Pharsale avait fait de César le maître du monde, et ses deux campagnes d'Afrique (bataille de Thapsus, 6 avril 46) et d'Espagne (bataille de Munda, 17 mars 45)  contre les républicains ne furent en réalité que des épisodes. Quelle fut la nature de son pouvoir, et quel fut son gouvernement? L'autorité de César reposa essentiellement sur la dictature, non pas celle des anciens temps, toujours courte et instituée pour un objet déterminé, mais celle de Sylla, imitation mal déguisée de la monarchie. En octobre 48, après Pharsale, elle lui fut conférée sans échéance fixe; en 46, on la lui donna pour dix ans, et en 44, il l'eut à vie. Jadis, le dictateur n'avait pas le droit de puiser dans le trésor sans l'agrément du Sénat; la restriction disparut pour César, qui géra en toute liberté les fonds de l'État. Cette magistrature suffisait à lui assurer la toute-puissance; il la cumula avec plusieurs autres. Il fut consul en 48, 46, 45 et 44, une fois sans collègue (45); mais cette charge n'ajoutait rien à ses prérogatives; la preuve, c'est qu'il y renonça dans le courant de 45, pour la reprendre l'année suivante. Sa qualité de patricien l'excluait du tribunat; il se fit déclarer inviolable et sacré, et il s'attribua le pouvoir de déposer les tribuns. Comme il était consul, il lui était interdit d'être censeur; à défaut du titre, il s'appropria la fonction, sous le nom de préfet des moeurs. Il était déjà grand pontife, et par là directeur suprême du culte; il entra dans le collège des augures. Cette réunion des plus hautes dignités de la République sur sa tête était aussi contraire que possible à l'esprit des institutions romaines; elle n'était légale que parce qu'elle était l'oeuvre de la loi. (P. Guiraud).