Le premier ouvrage important de Brücke fut son Anatomische Beschreibung des Augapfels (Berlin, 1847); il publia à la suite une foule de travaux sur l'anatomie, la chimie physiologique, l'optique physique et physiologique, la physiologie des muscles et des nerfs, de l'organe vocal, du sang et de la circulation, de la digestion, insérés dans les bulletins et les mémoires de l'Académie de Vienne, dans les recueils périodiques, etc.