Dès 1865, il présentait à l'Académie un mémoire plein de vues nouvelles sur la Théorie de la lumière; il n'a cessé ensuite d'enrichir les recueils scientifiques d'études aussi originales que variées. Ses nombreux mémoires ou notes, dont plusieurs ont l'importance de véritables traités, ont été insérés dans les Comptes rendus de l'Académie des sciences (1867 à 1888), le Recueil des savants étrangers (t. XX à XXIV), le Journal de mathématiques de Liouville (1868 à 1881), les Mémoires de l'Académie de Montpellier (1872), les Annales de physique et de chimie (1873), les Annales des ponts et chaussées (1874 à 1884), la Revue scientifique (1877), la Revue philosophique (1879-1880), le Recueil de la Société des sciences de Lille (1879 à 1885), les Proceedings of the Institution of Civil Engineers (1881-1882), etc. 

On y trouve la solution de savants problèmes d'analyse, de mécanique et de physique, ainsi que de curieuses dissertations sur la philosophie des sciences. Les recherches de Boussinesq ont d'ailleurs fait faire d'importants progrès à la thermodynamique, aux théories de l'élasticité des solides et des phénomènes ondulatoires, au calcul de la poussée des terres; l'hydrodynamique, en particulier, lui est redevable de formules nouvelles que les observations faites en 1886 par l'ingénieur en chef Bazin, de Dijon, ont pleinement vérifiées. En 1872, l'Académie des sciences a décerné à Boussinesq, pour l'ensemble de ses travaux, le prix Poncelet, et, en 1886, elle l'a élu membre de la section de mécanique. (Léon Sachet).

En bibliothèque - Voici la liste de ses principaux ouvrages : Essai théorique sur l'équilibre des massifs pulvérulents comparé à celui des massifs solides, et sur la poussée des terres sans cohésion (Paris. 1876, in-4); Essai sur la théorie des eaux courantes (Paris, 1877, in-4); Conciliation du véritable déterminisme mécanique avec l'existence de la vie et de la liberté morale (Paris, 1878, in-8), ouvrage qui, à l'époque, a eu un grand retentissement dans le monde philosophique; Étude sur divers points de la philosophie des sciences (Paris, 1879, in-8); Application des potentiels à l'étude de l'équilibre et du mouvement des solides élastiques (Paris, 1885, in-8); Leçons d'analyse infinitésimale, en vue d'applications mécaniques et physiques (Paris, 1887, 2 vol. in-8). Notice sur tes travaux scientifiques de M. Boussinesq; Lille, 1880-1883, in-4; supplément, Lille, 1885, in-4.