William Bligh retourna en Angleterre (14 mars 1790), déposa un rapport sur la révolte dont il avait été victime et obtint qu'un navire de guerre fût envoyé à la recherche des rebelles. Quatorze d'entre eux furent saisis à Tahiti et plusieurs condamnés à mort par la cour martiale de Portsmouth ; tous les autres, sous la conduite du chef de la mutinerie, Fletcher Christian, s'étaient établis à l'île Pitcairn (Polynésie) où ils avaient fondé une colonie (1789). Bligh obtint le grade de commandant et fut de nouveau envoyé aux Indes où il accomplit une mission analogue à la première. 

En 1806 il fut nommé gouverneur de la Nouvelle-Galles du Sud. Son administration fut à tel point rigoureuse et tyrannique, que ses collègues durent le déposer et l'embarquer de force pour l'Angleterre où on lui donna le titre honorifique d'amiral, Bligh a publié : Narrative of  the mutiny on board H. M. ship Bounty (Londres, 1790); Voyage to the South Sea (Londres, 1792, in-4). Ce dernier a été traduit en français par Soulès (Paris, 1792, in-8) et en allemand par Forster (Berlin, 1793). Avant que le cinéma ne s'empare du sujet, la mutinerie de la Bounty a inspiré à Byron son poème The island of Christian and his comrades.