La différence essentielle entre les Eglises presbytériennes et les Eglises congrégationalistes provient de ce que celles-ci affirment la complète indépendance de toutes leurs communautés, considérant chacune d'elles comme une Eglise complète, autonome et autocéphale; tandis que les Eglises presbytériennes sont soumises ou aspirent à une hiérarchie centralisatrice, comprenant, suivant les lieux, des degrés et des organes plus ou moins nombreux : paroisses, presbytères, consistoires, colloques, synodes particuliers, synodes généraux, destinés à établir une juridiction commune sur toutes les Eglises d'une même nation, et sur toutes les Eglises acceptant la même confession de foi, En effet, le synode de Dortdrecht semble avoir prétendu à une sorte d'oecuménicité calviniste.

Il serait trop long d'indiquer ici les particularités que présente l'organisation des diverses Eglises qui ont adopté le régime presbytérien. On trouvera un spécimen complet de ce régime dans l'Eglise d'Ecosse, et dans la constitution de l'Eglise de la Confession d'Augsbourg en France (Le Luthéranisme). La constitution des Eglises réformées est restée tronquée, par suite de la suppression ou de la désuétude du concile national. De ce qui précède il résulte que le régime presbytérien s'applique, avec des modifications diverses, non seulement aux Eglises qui se nomment spécialement presbytériennes, mais à toutes les Eglises réformées, à la plupart des Eglises méthodistes et en outre à plusieurs Eglises relevant de la Confession d'Augsbourg.  (G. de La Quesnerie).