Leur organisation est toute locale. De là le nom d'Indépendants qui leur est parfois donné. Toutefois, cette dernière désignation est plus spécialement réservée au parti démocratique qui, au XVI^e siècle, se confondit avec les Brownistes et arriva au pouvoir sous Olivier Cromwell. La Restauration leur fut hostile : une série d'actes du Parlement, notamment l'acte d'uniformité (1662), l'acte interdisant les conventicules (1670) et le Test act (1673) frappèrent impitoyablement les dissidents. Mais la proclamation de l'acte de tolérance (Toleration act) par Guillaume d'Orange, à la suite de la révolution de 1688, mit un terme aux persécutions dirigées contre eux. Dès lors, ils n'eurent plus à se défendre que contre le mauvais vouloir passager du gouvernement de la reine Anne, à l'avènement des tories, en 1740. Quelques années plus tard (1714), la reine étant morte, les princes de la maison de Hanovre inaugurèrent un régime de liberté politique et religieuse complète à l'égard de tous les protestants.

Aux Etats-Unis, les congrégationalistes ont joué un rôle très important. L'Amérique du Nord, grâce aux violences et à l'intolérance des Strafford et des Laud, devint, dès le commencement du XVIIe siècle, un refuge pour ceux qui mettaient leur conscience au-dessus de leur intérêt. De ce nombre furent les Indépendants qui émigrèrent dans les colonies du MMassachusetts et du Connecticut (1620-1628). Fortement pénétrés du droit qu'ont toutes les communautés chrétiennes protestantes à se constituer d'après leurs propres statuts, ils accordèrent aux autres ce qu'ils demandaient pour eux-mêmes. Ce principe de respect réciproque, vrai dans le domaine religieux, ne l'était pas moins dans le domaine, politique. Aussi les colonies américaines furent-elles essentiellement favorables au développement de l'individualisme. 

Les congrégationalistes et les Indépendants ne doivent pas être confondus malgré leurs principes communs. Les congrégationalistes attachent une importance particulière à la dignité sacerdotale. Ils ont des séminaires où les futurs pasteurs, avant de se présenter aux suffrages des fidèles, sont spécialement préparés au ministère sacré, tandis que les indépendants n'exigent de leurs pasteurs aucune autre formalité que l'élection par une communauté particulière. Chez les congrégationalistes, il est d'usage que le nouvel élu fasse une profession de sa foi devant l'assemblée des pasteurs des églises voisines. En outre, les congrégationalistes, contrairement aux indépendants, ont des synodes généraux.  (G. de La Quesnerie).